Tutorial Penggunaan Software Online ChemCompute

Situs web Chem Compute (Akses https://chemcompute.org/) memungkinkan siswa untuk dengan mudah mengakses perangkat lunak komputasi canggih secara gratis. Chemcompute ini akan memungkinkan kampus untuk memasukkan kimia komputasi ke dalam pengajaran sarjana dan kurikulum penelitian mereka tanpa kerumitan kompilasi, menginstal, dan memelihara perangkat lunak dan perangkat keras.

Instruktur didorong untuk menggunakan situs ini di kelas mereka. Layanan ini sepenuhnya gratis dan Anda tidak perlu meminta izin.

Login di kanan atas menggunakan login institusi Anda atau Daftarkan akun  — Ini memungkinkan siswa Anda mengirimkan melalui XSEDE, dengan pekerjaan yang berjalan lebih lama dan lebih banyak node komputasi. Ini juga membantu saya melacak penggunaan dan membuat kami lebih banyak mengalokasikan waktu komputer XSEDE.

Jenis akun Batasan Sumber Daya Ukuran Pekerjaan Khas
Tidak ada (tamu) 1 inti / 1 jam per pekerjaan di Jetstream 2 , benzena
Email Non-Akademik (gmail, dll) 1 inti / 1 jam per pekerjaan di Jetstream 2 , benzena
Daftar dan verifikasi dengan Email Akademik 6 core / 48 jam per pekerjaan di Bridges2 / Expanse Molekul berukuran sedang
Email Akademik + Minta alokasi yang lebih besar 24 core / 48 jam per pekerjaan di Bridges2 / Expanse Molekul yang lebih besar
  • GAMESS dan Jupyterhub menyertakan Eksperimen siap pakai. Instruksi dibangun ke dalam situs web sehingga Anda tidak perlu mendistribusikan manual lab terpisah

  • Anda juga dipersilakan untuk menggunakan eksperimen Anda sendiri! Cukup pilih dari aplikasi di bagian atas GAMESS  (Struktur Elektronik / Mekanika Kuantum) NAMD  atau tinker  (Dinamika Molekuler) Jupyter Noteboks dan PSI4  (Struktur Elektronik / Mekanika Kuantum) dan Notebook Python Jupyter
  • Kirimi saya email yang memberi  tahu saya kelas/berapa banyak siswa yang menggunakan layanan ini. Ini juga membantu alokasi XSEDE kami.
  • Perhitungan dijalankan secara gratis pada cluster berikut:
    • Jetstream:   Tersedia untuk pengguna tamu. Sebuah cluster awan yang terdiri dari 10 core per node. Satu node berjalan 24/7 dan node tambahan diluncurkan berdasarkan permintaan. Bagus untuk pekerjaan kecil (kurang dari 1 jam)
    • Hamparan:   Sebuah cluster di San Diego Supercomputing Center, dengan 728 node (128 core per node). Tersedia untuk digunakan oleh pengguna terdaftar dan kelas sarjana. Pilihan terbaik untuk pekerjaan besar, tetapi pekerjaan mungkin mengantri selama 5 – 15 menit.
    • Bridges:   Sebuah cluster di Pittsburg Supercomputing Center, dengan 488 node (128 core per node). Tersedia untuk digunakan oleh pengguna terdaftar dan kelas sarjana. Pilihan terbaik untuk pekerjaan besar, tetapi pekerjaan mungkin mengantri selama 5 – 15 menit.

Apa kekuatan ChemCompute?

Perhitungan yang dikirimkan di ChemCompute didukung oleh tiga kluster eksternal.

Aliran jet

Tersedia untuk digunakan oleh semua pengguna. Sebuah cluster awan yang terdiri dari hingga 10 node (masing-masing 10 core). Cluster akan tumbuh karena lebih banyak pekerjaan yang diajukan. Bagus untuk pekerjaan kecil karena memiliki sedikit overhead

Bentangan

Sebuah cluster di San Diego Supercomputing Center, dengan 728 node (128 core per node). Tersedia untuk digunakan oleh pengguna terdaftar dan kelas sarjana. Pilihan bagus untuk pekerjaan besar

jembatan2

Sebuah cluster di Pittsburg Supercomputing Center, dengan 488 node (128 core per node). Tersedia untuk digunakan oleh pengguna terdaftar dan kelas sarjana. Pilihan bagus untuk pekerjaan besar.

Berikut tutorial penggunaan software ChemCompute

Download Slides about Chem Compute

 

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *