Open Source Pemodelan Molekuler

Metode

Untuk setiap paket perangkat lunak yang diidentifikasi, kami melaporkan URL primer dan lisensi perangkat lunaknya dan menetapkannya sebagai kode aktivitas. Untuk kesederhanaan, lisensi seperti BSD (misalnya NCSA) dilaporkan sebagai BSD. Kode aktivitas terdiri dari tingkat aktivitas pengembangan (alfabetis) dan tingkat aktivitas penggunaan (numerik). Kode aktivitas ditetapkan sebagai berikut:

Aktivitas Pengembangan

Sebuah 
Substansial pengembangan (misalnya rilis utama baru, penambahan fitur baru, atau perbaikan besar fitur yang ada) dalam 18 bulan terakhir. Perhatikan ini termasuk semua proyek yang dibuat dalam 18 bulan terakhir.


Bukti beberapa pengembangan dalam 18 bulan terakhir seperti rilis minor atau perbaikan bug ke cabang pengembangan.


Tidak ada bukti pengembangan (perubahan kode sumber atau dokumentasi) dalam 18 bulan terakhir. Perhatikan bahwa dalam kasus di mana sebuah paket tidak mengikuti model pengembangan terbuka (yaitu, sumber hanya dirilis dengan rilis resmi) perkiraan kegiatan pengembangan akan terlalu konservatif.

Aktivitas Penggunaan

  1. Penggunaan pengguna secara substansial dalam 18 bulan terakhir (rata-rata lebih dari 20 unduhan per bulan dari SourceForge, lebih dari 20 bintang atau fork di GitHub, lebih dari 10 kutipan setahun, dan / atau komunitas pengguna yang jelas aktif sebagaimana ditunjukkan oleh lalu lintas saat pengiriman surat daftar atau papan diskusi).
  2. Memoderasi penggunaan pengguna dalam 18 bulan terakhir.
  3. Minimal atau tidak ada penggunaan pengguna yang dapat diidentifikasi dalam 18 bulan terakhir (total unduhan kurang dari 50 di SourceForge, tiga atau lebih sedikit bintang dan / atau fork di GitHub, atau kurang dari satu kutipan setahun).

Kami menghilangkan beberapa paket dengan periode tidak aktif yang diperpanjang (mis. Lebih dari 10 tahun) di mana ada sedikit bukti penggunaan atau paket yang direferensikan dalam literatur tetapi kami tidak dapat menemukan repositori kode sumber yang masih ada. Kami juga menghilangkan paket-paket yang menyediakan fungsionalitas umum dan / atau sepele (mis. Kalkulator berat molekul) dan paket-paket yang membutuhkan paket non-open source agar dapat berfungsi.

Cheminformatika

Toolkit

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
BOLAhttp://www.ball-project.org/LGPLA2 
CDKhttps://sourceforge.net/projects/cdkLGPLA1 
Chem ** fhttps://github.com/stefan-hoeck/chemfGPLC2 
chemfphttp://chemfp.comDENGANC3 
chemkithttps://github.com/kylelutz/chemkitBSDB1 
ChemmineRhttps://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ChemmineR.htmlArtistikA1 
Cinfonyhttps://github.com/cinfony/cinfonyBSD / GPLB1 
CurlySMILEShttp://www.axeleratio.com/csm/proj/main.htmGPLC2 
Diskusihttps://github.com/mwojcikowski/discusGPLB3 
Fafoomhttps://github.com/adrianasupady/fafoomLGPLA2 
fmcsRhttp://www.bioconductor.org/packages/fmcsRArtistikA1 
cemberuthttp://frowns.sourceforge.netPythonC2 
Heliumhttp://www.moldb.net/helium.htmlBSDB2 
Nilahttp://lifescience.opensource.epam.com/indigoGPLA1 
JoeLibhttp://sourceforge.net/projects/joelibGPLC1 
LICSShttps://github.com/KevinLawson/excel-cdkGPLA2 
MayaChemToolshttp://www.mayachemtools.orgLGPLA2 
Mychemhttp://mychem.sourceforge.netGPLB2 
ODDThttps://github.com/oddt/oddtBSDA2 
Buka Babelhttp://openbabel.orgGPLA1 
OPSINhttp://opsin.ch.cam.ac.ukArtistikA1 
OrChemhttp://orchem.sourceforge.netLGPLC2 
Kotahttp://sourceforge.net/projects/osraGPLA1 
ADUHhttps://github.com/odj/OuchGPLC2 
pybelhttp://openbabel.org/docs/dev/GunakanTheLibrary/Python_Pybel.htmlGPLA1 
rcdkhttps://cran.r-project.org/web/packages/rcdkLGPLB2 
RDKithttp://www.rdkit.orgBSDA1 
RINCIhttp://www-rinchi.ch.cam.ac.ukApacheA3 
rpubchemhttps://r-forge.r-project.org/projects/rpubchemGPLC3 
rubabelhttps://github.com/princelab/rubabelDENGANC2 
SMSDhttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SMSDCCALB2 
Som- itTMhttp://silicos-it.beLGPLC3 
webchemhttps://github.com/ropensci/webchemDENGANA2 
MolGearshttps://github.com/admed/molgearsBSDB3 
     

Perpustakaan Algoritma Biokimia (BALL) menyediakan pustaka C ++ berorientasi objek untuk bioinformatika struktural, dan kemampuannya mencakup mekanika molekuler, dukungan untuk membaca dan menulis berbagai format file, penilaian ligan protein, docking, dan pemodelan QSAR.

The Chemistry Development Kit (CDK) adalah toolkit cheminformatics yang ditulis di Jawa. Kemampuannya termasuk dukungan untuk membaca dan menulis berbagai format kimia, deskripsi dan perhitungan sidik jari, perhitungan medan gaya, pencarian substruktur, dan pembuatan struktur.

Chem ** f adalah toolkit cheminformatika minimal yang ditulis dalam bahasa fungsional Scala.

chemfp adalah perpustakaan berkinerja tinggi dengan antarmuka Python untuk menghasilkan dan mencari sidik jari molekuler.

chemkit adalah toolkit kimia C ++ yang mencakup dukungan untuk visualisasi dengan kerangka kerja Qt dan pemodelan molekul.

ChemmineR adalah paket cheminformatics untuk bahasa pemrograman statistik R yang dibangun menggunakan Open Babel. Kemampuannya termasuk perhitungan properti, pencarian kesamaan, dan klasifikasi dan pengelompokan senyawa.

Cinfony menyediakan antarmuka standar tunggal dan sederhana untuk toolkit kimia kimia lainnya, termasuk Open Babel, RDKit, CDK, Indigo, JChem, OPSIN, dan beberapa layanan web.

CurlySMILES menyediakan fungsionalitas parsing untuk ekstensi format SMILES yang mendukung deskripsi sistem molekuler yang kompleks.

DisCuS (Sistem Basis Data untuk Pemilihan Senyawa) menyediakan dukungan untuk menganalisis hasil layar throughput tinggi.

Fafoom (algoritma fleksibel untuk optimalisasi molekul) adalah pustaka Python untuk mengidentifikasi konformer energi rendah menggunakan algoritma genetika.

fmcsR adalah paket R yang efisien melakukan pencocokan substruktur umum maksimum yang fleksibel yang memungkinkan ketidakcocokan kecil antara atom dan ikatan dalam substruktur bersama.

Frowns adalah toolkit cheminformatika yang sebagian besar ditulis dengan Python yang menyediakan dukungan dasar untuk file SMILES dan SD, pencarian SMARTS, pembuatan sidik jari, dan persepsi properti.

Helium adalah toolkit cheminformatika yang ditulis menggunakan idiom C ++ modern yang menyediakan dukungan untuk file SMILES, pembuatan sidik jari, dan SMARTS dan SMIRKS.

Indigo adalah toolkit cheminformatika yang ditulis dalam C ++ dengan C, Python, Java (termasuk simpul KNIME), dan binding C #. Kemampuannya termasuk dukungan umum untuk memanipulasi molekul, perhitungan properti, kimia kombinatorial, deteksi perancah dan dekomposisi kelompok-R, pemrosesan reaksi, pencocokan substruktur dan pencarian kesamaan.

JOELib adalah toolkit cheminformatics yang ditulis dalam Java. Kemampuannya termasuk pencarian substruktur SMARTS, perhitungan deskriptor, dan pipa pemrosesan / penyaringan.

LICSS terintegrasi dengan CDK untuk memberikan representasi dan analisis data kimia yang tertanam dalam Microsoft Excel.

MayChemTools adalah kumpulan skrip Perl untuk memanipulasi data kimia, berinteraksi dengan basis data, menghasilkan sidik jari, melakukan pencarian kesamaan, dan menghitung sifat molekuler.

Mychem dibangun menggunakan OpenBabel dan menyediakan ekstensi untuk paket database MySQL yang menambahkan kemampuan untuk mencari, menganalisis, dan mengkonversi data kimia dalam database MySQL.

Open Drug Discovery Toolkit (ODDT) sepenuhnya ditulis dalam Python, dibangun di atas RDKit dan Open Babel, dan difokuskan pada penyediaan fungsionalitas yang lebih baik untuk mengelola dan menerapkan alur kerja penemuan obat, seperti membuatnya mudah untuk menerapkan pipa docking.

Open Babel adalah toolkit cheminformatika substansial yang ditulis dalam C ++ dengan Python, Perl, Java, Ruby, R, PHP, dan binding Scala. Kemampuannya termasuk dukungan untuk lebih dari 100 format file kimia, pembuatan sidik jari, penentuan properti, pencarian kesamaan dan substruktur, pembuatan struktur, dan bidang gaya molekuler. Ini telah menyerap generator konformer Confab yang menghasilkan struktur 3D melalui enumerasi sistematis torsi dan minimisasi energi.

OPSIN, Open Parser untuk nomenklatur IUPAC Sistematik, mengubah nomenklatur kimiawi teks biasa menjadi format CML atau InChi yang dapat dibaca mesin.

OrChem dibangun menggunakan CDK dan menyediakan ekstensi ke database Oracle yang menambahkan kemampuan untuk menggabungkan dan mencari data kimia.

OSRA menyediakan pengenalan struktur optik. Dibutuhkan sebagai input gambar dan menghasilkan string SMILES.

Aduh (Ouch Menggunakan Kimia Haskell) adalah toolkit cheminformatika minimal yang ditulis dalam bahasa fungsional Haskell.

Pybel menyediakan fungsionalitas penuh Open Babel, tetapi rutinitas umum disediakan dalam antarmuka yang lebih sederhana dan lebih ‘pythonic’.

rcdk menyediakan antarmuka R ke CDK dan bekerja dengan sidik jari.

RDKit adalah toolkit cheminformatika substansial yang ditulis dalam C ++ dengan Python, Java dan C # bindings. Kemampuannya termasuk penanganan file, manipulasi data molekuler, reaksi kimia, dukungan substansial untuk sidik jari, substruktur dan pencarian kesamaan, generasi konformer 3D, penentuan properti, dukungan medan gaya, penyelarasan dan penyaringan berbasis bentuk, dan integrasi dengan PyMOL, KNIME, dan PostgreSQL.

RInChI menyediakan alat untuk membuat dan memanipulasi reaksi InChIs, string unik untuk menggambarkan reaksi.

rpubchem adalah paket R untuk berinteraksi dengan database PubChem.

rubabel mirip dengan Pybel dalam hal ini menyediakan antarmuka Ruby asli ke Open Babel.

Small Molecule Subgraph Detector (SMSD) adalah perpustakaan Java untuk menghitung maksimum umum subgraph antara molekul kecil.

Som-it TM adalah paket R untuk membuat dan memvisualisasikan peta yang dapat diatur sendiri dari kumpulan data besar.

webchem adalah paket R untuk berinteraksi dengan selusin sumber daya on-line yang berbeda untuk data kimia.

Molgears adalah alat basis data untuk menyimpan senyawa kimia, menghitung deskriptor, melacak sintesis, menyimpan data analitik dan bioaktivitas, mengelola perpustakaan sampel. Bioaktivitas dilaporkan sebagai hasil IC50. Data dapat difilter, dianalisis, dan diunduh ke berbagai format file.

Program Mandiri

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
cApphttp://www.structuralchemistry.org/pcsbGPLA3 
checkmol / matchmolhttp://merian.pch.univie.ac.at/~nhaider/cheminf/cmmm.htmlGPLC3 
ConvertMAShttp://sourceforge.net/projects/convertmasGPLA3 
Saring TM ituhttp://silicos-it.beLGPLC3 
Frog2https://github.com/tuffery/Frog2GPLB2 
LMRhttps://github.com/IanAWatson/Lilly-Medchem-RulesGPLB2 
Molpherhttps://www.assembla.com/spaces/molpher/wikiGPLC2 
Lumuthttp://www.borgelt.net/moss.htmlDENGANA2 
Oh Tuhanhttp://sourceforge.net/projects/openmgGPLC1 
sdf2xyz2sdfhttp://sdf2xyz2sdf.sourceforge.netGPLC2 
sdsorterhttps://sourceforge.net/projects/sdsorterGPLB3 
Bentukhttp://sourceforge.net/projects/shapegaGPLC3 
Strip-it TMhttp://silicos-it.beLGPLC3 

cApp adalah aplikasi Java yang menyediakan alat untuk mengevaluasi sifat fisiko-kimia, melakukan pencarian kesamaan, dan menanyakan database PubChem.

Utilitas checkmol dan matchmol menguraikan dan membandingkan kelompok fungsional dari molekul input.

ConvertMAS adalah utilitas untuk mengkonversi antara format dan menggabungkan dan memisahkan file multi-molekul.

Filter-it TM menyaring serangkaian molekul berdasarkan sifat-sifatnya seperti parameter fisikokimia dan sifat berbasis grafik.

Frog2 menggunakan pendekatan dua tahap Monte Carlo ditambah dengan minimisasi energi untuk secara cepat menghasilkan konformer 3D.

Aturan MedChem Lilly (LMR) menerapkan filter untuk menghindari senyawa reaktif dan bebas.

Molpher menghasilkan perpustakaan kimia virtual yang mewakili ruang kimia antara dua molekul input karena terdiri dari jalur yang ditemukan dengan mengubah satu molekul ke yang lain.

MoSS (Molecular Subsstructure miner) menemukan substruktur molekul umum dan fragmen diskriminatif dalam perpustakaan senyawa.

Open Molecule Generator (OMG) menyebutkan semua struktur kimia yang mungkin diberikan batasan pada komposisinya.

sdf2xyz2sdf mengkonversi antara file SDF dan TINKER XYZ.

sdsorter menyediakan rutinitas praktis untuk memanipulasi, menyortir, dan memfilter konten file data sdf berdasarkan tag data sd yang tertanam.

Shape menggunakan algoritma genetika untuk menghasilkan konformasi karbohidrat.

Strip-it TM dibuat menggunakan Open Babel dan mengekstraksi perancah molekul.

Lingkungan Pengembangan Grafis

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
AMBIThttp://ambit.sourceforge.netGPLA1 
Bioclipsehttp://www.bioclipse.netGerhanaB1 
Alat Galaxyhttps://github.com/bgruening/galaxytoolsAkademikA1 
KNIMEhttps://www.knime.orgGPLA1 
jerukorange.biolab.siBSDA1 
SA2http://sa2.sourceforge.netGPLA1 
Warunghttp://www.taverna.org.ukLGPLA1 
Taruhhttps://sourceforge.net/projects/wekaGPLA1 

Ambit terintegrasi dengan CDK untuk menyediakan aplikasi berbasis web untuk pencarian dan analisis bahan kimia dan termasuk algoritma generasi tautomer.

Bioclipse adalah meja kerja, berdasarkan kerangka kerja Eclipse, untuk memanipulasi dan menganalisis data biokimia dan database. Ini terintegrasi dengan CDK dan Jmol untuk menyediakan fungsionalitas cheminformatic dan juga memiliki modul untuk bioinformatika (terutama analisis urutan) dan pemodelan QSAR.

Galaxy adalah platform web untuk mengeksplorasi data biomedis dan termasuk sebagai komponen Kotak Alat Kimia yang mengintegrasikan sejumlah alat cheminformatika lainnya untuk menawarkan serangkaian pencarian molekuler, perhitungan properti, pengelompokan, dan kemampuan manipulasi.

Konstanz Information Miner (KNIME) adalah lingkungan alur kerja umum yang mencakup sejumlah plugin untuk cheminformatika, seperti modul CDK dan RDKit, serta modul bioinformatika dan pembelajaran mesin.

Orange adalah antarmuka grafis untuk alur kerja interaktif konstruksi dan melakukan analisis dan visualisasi data.

Screening Assistant 2 (SA2) adalah GUI yang ditulis dalam Java yang terintegrasi dengan toolkit lain untuk membantu mengelola, menganalisis, dan memvisualisasikan pustaka senyawa.

Taverna adalah editor alur kerja grafis yang mencakup dukungan untuk berintegrasi dengan layanan web dan CDK.

Weka adalah platform untuk penambangan data dan pembelajaran mesin yang dapat disesuaikan untuk cheminformatika.

Visualisasi

Aplikasi Desktop 2D (Tabel [2ddesktopviz])

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
BKchemhttp://bkchem.zirael.orgGPLC3 
chemfighttps://www.ctan.org/pkg/chemfigGetahA2 
Chemtoolhttp://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtoolGPLB3 
JChemPainthttp://jchempaint.github.ioLGPLB1 
LeViewhttp://www.pegase-biosciences.com/leview-ligand-environment-viewerGPLB3 
mol2chemfighttp://chimpsky.uwaterloo.ca/mol2chemfigGetahC3 
Molsketchhttp://sourceforge.net/projects/molsketchGPLA1 
SketchElhttp://sketchel.sourceforge.netGPLA1 

BKChem adalah editor molekul 2D yang ditulis dengan python yang menggunakan toolkit Tk GUI.

chemfig adalah alat untuk menanamkan gambar kimia dalam dokumen LaTeX .

Chemtool adalah editor molekul 2D untuk sistem Linux yang menggunakan GTK toolkit.

JChemPaint adalah editor molekul 2D berbasis Java yang dibuat menggunakan CDK toolkit.

LeView menghasilkan representasi 2D interaksi protein-ligan yang menyoroti fitur-fitur seperti ikatan hidrogen.

mol2chemfig mengubah file SMILES menjadi kode sumber LaTeX .

Molsketch adalah editor molekul 2D yang ditulis dalam C ++ dengan Qt toolkit yang mencakup dukungan untuk sistem operasi Windows dan Android.

SketchEl adalah editor molekul 2D berbasis Java yang menyertakan dukungan untuk tampilan lembar data untuk menangani file multi-molekul.

Aplikasi Desktop 3D

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
Avogadrohttp://avogadro.ccGPLA1 
BALLViewhttp://www.ball-project.org/ballviewLPGLA2 
gMolhttps://github.com/tjod/gMol/wikiGPLA3 
Jamberoohttps://sourceforge.net/projects/jbonzerLGPLA3 
LPMVhttps://sourceforge.net/projects/lpmolecularviewerLGPLB3 
bermatahttps://sourceforge.net/projects/luscusAkademikA1 
Keretakan Molekulerhttps://github.com/Magnusnorrby/MolecularRiftGPLA3 
OpenStructurehttp://www.openstructure.orgLGPLA2 
PLIPhttps://github.com/ssalentin/plipApacheA2 
PyMOLhttps://sourceforge.net/projects/pymolPythonA1 
RasTophttps://sourceforge.net/projects/rastopGPLC1 
OpenRasMolhttps://sourceforge.net/projects/openrasmolGPLC1 
SEKOPhttp://sites.google.com/view/spadeBSDC3 
QuteMolhttp://qutemol.sourceforge.netGPLC1 

Avogadro adalah penampil dan editor molekul 3D dengan arsitektur plugin modular dengan ikatan Python dan C ++ yang mencakup optimisasi struktur interaktif untuk pengeditan waktu-nyata.

BALLView menyediakan visualisasi 3D interaktif sebagai bagian dari BALL cheminformatics toolkit.

gMol menyediakan visualisasi 3D dasar interaktif data molekuler yang dapat dibaca oleh Open Babel.

Jamberoo menyediakan editor dan penampil molekul 3D berbasis Java dasar.

LP Molecular Viewer adalah kontrol ActiveX / ATL untuk menanamkan representasi 3D interaktif dari data molekuler dalam produk Microsoft.

Luscus adalah penampil dan editor 3D yang dirancang dengan fokus pada informasi struktur elektronik.

Molecular Rift terintegrasi dengan headset realitas virtual Oculus Rift untuk memberikan visualisasi mendalam data molekuler 3D.

OpenStructure adalah kerangka kerja biologi struktural komputasi yang menyediakan penampil 3D untuk memanipulasi informasi struktural dan termasuk shell Python interaktif.

PLIP (Protein-Ligand Interaction Profiler) berjalan sebagai aplikasi web dan menganalisis dan memvisualisasikan interaksi protein-ligan dalam 3D.

PyMOL adalah penampil molekul 3D substansial yang mencakup antarmuka Python penuh untuk mendukung pengembangan skrip dan plugin.

RasTop dan OpenRasMol didasarkan pada perangkat lunak RasMol yang terhormat dan memberikan visualisasi 3D dasar.

SPADE (Lingkungan Pengembangan Aplikasi Proteomik Struktural) adalah antarmuka Python grafis untuk informatika struktural.

QuteMol menyediakan rendering data molekuler 3D berkualitas tinggi yang menarik secara visual.

Visualisasi Berbasis Web

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
3Dmol.js3dmol.csb.pitt.eduBSDA1 
CH5M3Dhttps://sourceforge.net/projects/ch5m3dGPLC1 
Chemozarthttps://chemozart.comApacheA1 
CWChttps://web.chemdoodle.comGPLA1 
KITAhttp://peter-ertl.com/jsmeBSDA1 
Jmolhttp://jmol.sourceforge.netLGPLA1 
JSmolhttps://sourceforge.net/projects/jsmolLGPLA1 
NGLhttp://proteinformatics.charite.de/nglDENGANA1 
PVhttps://biasmv.github.io/pvDENGANA1 

3Dmol.js adalah pustaka JavaScript yang menyediakan visualisasi interaktif 3D interaktif berbasis webGL dari struktur dan permukaan molekul.

CH5M3D menggunakan JavaScript dan HTML5 untuk menyediakan visualisasi dan pengeditan struktur 3D molekul kecil.

Chemozart adalah aplikasi web berbasis-WebGL untuk pengeditan 3D molekul kecil.

CWC (ChemDoodle Web Components) menyediakan rangkaian visualisator dan editor berbasis web untuk data molekuler 2D dan 3D.

JSME adalah editor molekul JavaScript 2D murni yang dapat mengekspor dan mengimpor data SMILES.

Jmol adalah applet Java untuk visualisasi 3D interaktif yang menyediakan dukungan cheminformatika yang signifikan dan bahasa skrip kustom.

JSmol adalah port JavaScript dari Jmol dan tidak memerlukan plugin Java untuk dijalankan.

NGL adalah penampil yang dipercepat WebGL dan perpustakaan JavaScript untuk visualisasi 3D makromolekul interaktif.

PV (Protein Viewer) adalah penampil yang dipercepat oleh WebGL untuk visualisasi 3D interaktif makromolekul dengan API gaya fungsional.

Pemodelan QSAR / ADMET

Kalkulator Penjelas

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
4D-FAPhttp://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/4DFAPLGPLC2 
BlueDeschttp://www.ra.cs.uni-tuebingen.de/software/bluedescGPLC3 
MolSighttp://molsig.sourceforge.netGPLC2 
Deskriptor PaDELhttp://www.yapcwsoft.com/dd/padeldescriptorArea publikC1 
TMACChttp://comp.chem.nottingham.ac.uk/download/tmaccGPLC2 

4D Flexible Atom-Pair Kernel (4D FAP) menghitung ukuran kesamaan ‘4D’ dari grafik molekul ansambel konformasi yang dapat dimasukkan ke dalam model QSAR.

Kalkulator deskriptor BlueDesc adalah alat baris perintah yang mengubah file SD MDL menjadi format ARFF dan LIBSVM menggunakan CDK dan JOELib2 untuk pembelajaran mesin dan keperluan penambangan data. Itu menghitung 174 deskriptor yang diambil dari kedua perpustakaan.

MolSig menghitung deskriptor grafik molekuler yang mencakup informasi stereokimia.

PaDEL-Descriptor menghitung deskriptor molekuler dan sidik jari. Ini menghitung 1875 deskriptor (1444 1D, deskriptor 2D dan 431 deskriptor 3D) dan 12 jenis sidik jari.

Deskriptor korelasi silang maksimum topologi (TMACC) menghasilkan deskriptor autokorelasi 2D yang berdimensi rendah dan dapat ditafsirkan serta sesuai untuk pemodelan QSAR.

Bangunan Model

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
AZOrangehttps://github.com/AZCompTox/AZOrangeLGPLC2 
Bioalertshttps://github.com/isidroc/bioalertsGPLA3 
cambhttps://github.com/cambDIGPLB2 
eTOXlabhttps://github.com/manuelpastor/eTOXlabGPLB3 
Open3DGRIDhttp://open3dgrid.sourceforge.netGPLB1 
Open3DQSARhttp://open3dqsar.sourceforge.netGPLB1 
QSAR-toolshttps://github.com/dkoes/qsar-toolsBSDA3 

AZOrange adalah paket pembelajaran mesin yang mendukung pembangunan model QSAR dalam alur kerja penuh dari perhitungan deskriptor ke pembuatan model otomatis, validasi, dan seleksi. Ini mempromosikan akurasi model dengan menggunakan beberapa algoritma pembelajaran mesin berkinerja tinggi untuk data yang efisien mengatur pemilihan spesifik dari pendekatan statistik.

Bioalerts menggunakan sidik jari RDKit untuk membuat model dari data diskrit (mis., Beracun / tidak beracun) dan berkelanjutan. Ini termasuk kemampuan untuk memvisualisasikan kelompok fungsional yang bermasalah.

Chemistry sadar model builder (camb) adalah paket R untuk generasi model kuantitatif. Kemampuannya termasuk perhitungan deskriptor (termasuk 905 deskriptor tipe sidik jari dua dimensi dan 14 untuk molekul kecil, 13 deskriptor sekuens protein utuh, dan 8 jenis deskriptor asam amino), pembuatan model, pemodelan ensemble, dan visualisasi.

eTOXLab menyediakan kerangka kerja pemodelan portabel yang tertanam dalam mesin virtual mandiri untuk penyebaran yang mudah.

Open3DGrid dan Open3DQSAR adalah seperangkat alat terkait yang membangun model QSAR 3D. Open3DGrid menghasilkan bidang interaksi molekuler (MIF) dalam berbagai format, dan Open3DQSAR membuat model prediksi dari MIFs dari molekul yang selaras. Perhitungan dapat divisualisasikan secara real time dalam PyMOL.

QSAR-tools adalah sekumpulan skrip Python yang menggunakan RDKit untuk membangun model QSAR linier dari data kimia 2D.

Aplikasi Model

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
SMARTCyphttp://www.farma.ku.dk/smartcypLGPLC1 
Toxtreehttp://toxtree.sourceforge.netGPLA1 
UG-RNNhttp://cdb.ics.uci.edu/cgibin/tools/AquaSolWeb.pyApacheC1 

SMARTCyp adalah model QSAR yang memprediksi lokasi sitokrom P450 yang dimediasi oleh molekul seperti obat langsung dari struktur 2D molekul menggunakan aturan energi berbasis fragmen.

Toxtree adalah aplikasi Java GUI untuk memperkirakan “bahaya racun” dari molekul menggunakan berbagai modul prediksi toksisitas, seperti toksisitas oral, prediksi iritasi kulit dan mata, pengikatan protein kovalen dan pengikatan DNA, metabolisme obat yang dimediasi Cytochrome P450 (menggunakan SMARTCyp ) dan lainnya.

UG-RNN / AquaSol adalah grafik jaringan saraf rekursif tak berarah yang telah dilatih untuk memprediksi kelarutan dalam air dari grafik molekuler.

Visualisasi

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
CheS-Mapperhttp://ches-mapper.orgGPLA2 
DataWarriorhttp://www.openmolecules.org/datawarriorGPLA1 
DecoyFinderhttp://urvnutrigenomica-ctns.github.io/DecoyFinderGPLA1 
Perancah Hunterhttp://scaffoldhunter.sf.netGPLA1 
Peta Sinergihttps://github.com/richlewis42/synergy-mapsDENGANA2 
VIDEANhttps://github.com/jimenamartinez/VIDEANBSDA3 
WCSEhttp://www.cheminfo.org/wikipediaBSDA2 
WebChemViewerhttp://sourceforge.net/projects/webchemviewerBSDC3 

CheS-Mapper (mapper ruang kimia). adalah penampil 3D untuk senyawa kecil dalam kumpulan data kimia. Ini menanamkan dataset ke ruang 3D dengan melakukan pengurangan dimensi pada sifat-sifat senyawa.

DataWarrior adalah alat visualisasi dan analisis data untuk data kimia dengan serangkaian kaya perhitungan properti yang tersedia, metrik kesamaan, kemampuan pemodelan, dan representasi kumpulan data.

DecoyFinder menyediakan GUI untuk memilih satu set senyawa umpan dari perpustakaan besar yang cocok yang cocok dengan serangkaian aktivitas tertentu.

Scaffold Hunter menyediakan GUI berbasis Java untuk memvisualisasikan hubungan antara senyawa dalam dataset.

Sinergi Peta memvisualisasikan aktivitas sinergis diekstraksi dari layar kombinasi obat.

VIDEAN (analisis deskriptor visual dan interaktif) adalah alat visual untuk secara iteratif memilih subset deskriptor yang sesuai untuk memprediksi properti target dengan bantuan metode statistik.

WCSE (penjelajah struktur kimia Wikipedia) berjalan sebagai aplikasi web dan menyediakan antarmuka 2D untuk memvisualisasikan dan mencari molekul 2D.

WebChemViewer adalah penampil online untuk melihat dan berinteraksi dengan daftar senyawa dan data terkait.

Kimia Kuantum

DariPerhitungan awal

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
ABINIThttp://www.abinit.orgGPLA1 
ACEShttp://www.qtp.ufl.edu/acesGPLA1 
BigDFThttp://bigdft.orgGPLA1 
CP2Khttp://www.cp2k.orgGPLA1 
DACAPOhttps://wiki.fysik.dtu.dk/dacapoGPLC1 
ErgoSCFhttp://www.ergoscf.orgGPLC2 
ERKALEhttps://github.com/susilehtola/erkaleGPLB2 
IPKhttps://wiki.fysik.dtu.dk/gpawGPLA1 
HORTONhttp://theochem.github.io/hortonGPLA1 
JANPAhttp://janpa.sourceforge.netBSDA1 
MPQChttp://www.mpqc.orgLGPLB1 
NWChemhttp://www.nwchem-sw.orgECLA1 
Guritahttp://www.tddft.org/programs/octopusGPLA1 
OpenMXhttp://www.openmx-square.orgGPLA1 
Psi4http://www.psicode.orgGPLA1 
pedashttp://sourceforge.net/projects/pyquanteBSDA1 
PySCFhttps://github.com/sunqm/pyscfBSDA1 
QMCPACKhttp://qmcpack.orgBSDA2 
Espresso kuantumhttp://www.quantum-espresso.orgGPLA1 
RMGhttp://rmgdft.sourceforge.netBSD / GPLA1 
Sebagai siamhttps://sites.google.com/site/siamquantumGPLA2 

ABINIT dapat menghitung energi total, kerapatan muatan dan struktur elektronik molekul dan padatan periodik dengan teori fungsional kerapatan (DFT) dan Teori Perturbasi Banyak-Tubuh (MBPT), menggunakan pseudopotensial dan basis planewave atau wavelet. ABINIT juga dapat mengoptimalkan geometri, melakukan simulasi dinamika molekul, atau menghasilkan matriks dinamis, muatan efektif terlahir, dan tensor dielektrik dan banyak properti lainnya.

ACES melakukan perhitungan seperti perhitungan energi titik tunggal, gradien analitik, dan Hessian analitik, dan sangat paralel, termasuk dukungan untuk komputasi GPU. Fokus ACES adalah penggunaan MBPT dan pendekatan gugus-berpasangan untuk menangani korelasi elektron yang andal.

BigDFT melakukan perhitungan ab initio menggunakan wavelet Daubechies dan memiliki kemampuan untuk menggunakan metode penskalaan linier. Sistem periodik, permukaan dan sistem terisolasi dapat disimulasikan dengan kondisi batas yang tepat. Itu termasuk sebagai bagian dari ABINIT.

CP2K melakukan simulasi kondisi padat, cair, molekuler dan sistem biologis. Fokus utamanya adalah metode struktur elektronik skala paralel dan linear berskala besar dan simulasi dinamika molekul (AIMD) ab-initio yang canggih . Ini dioptimalkan untuk metode Gaussian dan Pesawat-Gelombang campuran menggunakan pseudopotentials dan dapat berjalan secara paralel dan pada GPU.

Dacapo adalah program energi total yang menggunakan teori fungsional kerapatan. Itu dapat melakukan dinamika molekul / relaksasi struktural sambil menyelesaikan persamaan Schr√∂dinger. Ini memiliki dukungan untuk eksekusi paralel dan digunakan melalui Lingkungan Simulasi Atom (ASE)

ErgoSCM adalah program kimia kuantum untuk perhitungan lapangan mandiri skala besar. Ini melakukan perhitungan struktur elektronik menggunakan teori fungsi kepadatan Hartree-Fock dan Kohn-Sham dan mencapai penskalaan linear untuk penggunaan CPU dan pemanfaatan memori.

ERKALE dirancang untuk menghitung sifat-sifat sinar-X, seperti kepadatan momentum elektron keadaan-dasar dan profil Compton, dan inti (penyerapan sinar-x dan hamburan sinar-x Raman) dan spektrum eksitasi elektron valensi dari atom dan molekul.

GPAW adalah kode DFT yang menggunakan teknik proyektor-augmented wave (PAW) dan terintegrasi dengan lingkungan simulasi atom (ASE).

HORTON (Alat Penelitian Sumber Terbuka Bermanfaat untuk sistem N-fermion) memiliki tujuan desain utama yaitu kemudahan ekstensibilitas untuk meneliti metode baru dalam teori struktur elektronik ab initio .

JANPA menghitung orbital atom alami dari matriks kepadatan satu partikel yang berkurang.

MPQC (program kimia kuantum paralel masif) menawarkan banyak fitur termasuk cangkang tertutup, cangkang terbuka tak terbatas dan umum Energi Hartree-Fock dan gradien, cangkang tertutup, cangkang kerapatan terbuka dan umum terbatas teori energi fungsional dan gradien, teori perturbasi kerang terbuka orde kedua dan energi teori perturbasi rata-rata Z.

NWChem menyediakan serangkaian metode untuk pemodelan sistem klasik dan QM. Kemampuannya meliputi struktur elektronik molekuler, QM / MM, struktur elektronik gelombang pesawat pseudopotensial, dan dinamika molekuler dan dirancang untuk skala di ratusan prosesor.

Gurita pervorms ab initio perhitungan menggunakan DFT (TDDFT) dan pseudopotensial bergantung waktu. Termasuk dalam proyek ini adalah libxc yang merupakan perpustakaan mandiri dari fungsi pertukaran-korelasi untuk DFT (dirilis di bawah LGPL).

OpenMX (paket sumber terbuka untuk material eXplorer) dirancang untuk simulasi material skala nano berdasarkan DFT, pseudopotensial yang menghemat norma, dan fungsi basis lokal pseudo-atom. OpenMX mampu melakukan perhitungan sifat fisik seperti sifat transportasi magnetik, dielektrik, dan listrik dan dioptimalkan untuk paralelisme skala besar.

Psi4 adalah seperangkat program kimia kuantum ab initio yang mendukung berbagai macam perhitungan (misalnya, Hartree-Fock, MP2, kluster-berpasangan) dan prosedur umum seperti optimasi geometri dan analisis frekuensi getaran dengan lebih dari 2500 fungsi dasar.

PyQuante adalah kumpulan modul, sebagian besar ditulis dalam Python, untuk melakukan perhitungan Hartree-Fock dan DFT dengan fokus pada penyediaan seperangkat alat yang dirancang dengan baik. Versi baru sedang dikembangkan ( https://github.com/rpmuller/pyquante2 ).

PySCF juga ditulis terutama dalam Python dan mendukung beberapa metode populer seperti Hartree-Fock, DFT, dan MP2. Ini juga memiliki penggunaan yang mudah dan ekstensi sebagai tujuan desain utama.

QMCPACK adalah implementasi Monte Carlo multi-tubuh ab initio kuantum untuk menghitung sifat struktur elektronik sistem molekuler, semi-2D, dan solid-state. Format file standar yang digunakan untuk input dan output adalah dalam XML dan HDF5.

QUANTUM ESPRESSO dirancang untuk pemodelan di skala nano menggunakan DFT, gelombang pesawat, dan pseudopotensial dan kemampuannya meliputi perhitungan kondisi-tanah, optimisasi struktural, keadaan transisi dan jalur energi minimum, dinamika molekul in ab , teori perturbasi DFT, teori gangguan DFT, sifat spektroskopi, dan kuantum mengangkut.

RMG adalah kode DFT yang menggunakan grid ruang nyata untuk memberikan skalabilitas tinggi di ribuan prosesor dan akselerasi GPU untuk relaksasi struktural dan dinamika molekul.

Siam Quantum (SQ) dioptimalkan untuk komputasi paralel dan kemampuannya meliputi perhitungan energi Hartree-Fock dan MP2, perhitungan titik persimpangan energi minimum, optimasi geometri, analisis populasi, dan dinamika molekul kuantum. DFT tersedia dengan berbagai fungsi seperti pertukaran Dirac, korelasi VWN, dan energi korelasi elektron paling sederhana namun akurat, yang disebut “formula Chachiyo”.

Aplikasi Pembantu

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
Pecahhttps://github.com/FragItGPLA2 
cclibhttps://github.com/cclib/cclibLGPLA1 
Gaussihttp://sourceforge.net/projects/gausssumGPLA1 
Geachttps://github.com/LaTruelle/GeacGPLA3 
Nancy_EXhttp://sourceforge.net/projects/nancyexGPLA2 
orbkithttp://orbkit.sourceforge.netGPLA2 

FragIt menghasilkan fragmen molekul besar untuk digunakan sebagai file input dalam program kimia kuantum yang mendukung metode berbasis fragmen.

cclib menyediakan antarmuka yang konsisten untuk parsing dan menafsirkan hasil sejumlah paket kimia kuantum.

GaussSum menggunakan cclib untuk mengekstraksi informasi yang berguna dari hasil program kimia kuantum (ADF, GAMESS, Gaussian, Jaguar) termasuk memantau kemajuan optimasi geometri, spektrum UV / IR / Raman, level orbital molekul (MO) dan kontribusi MO.

Geac (Gaussian ESI Automated Creator) mengekstrak data dari file log Gaussian.

Nancy_EX pasca-proses Gaussian output dan menganalisis keadaan tereksitasi termasuk orbital transisi alami, matriks detasemen dan kepadatan attachment, dan deskriptor transfer biaya.

orbkit adalah alat pasca-pemrosesan untuk hasil program kimia kuantum. Ini memiliki dukungan asli untuk sejumlah program (MOLPRO, TURBOMOLE, GAMESS-US, PROAIMS / AIMPAC, Gaussian) dan tambahan antarmuka dengan cclib untuk dukungan format file tambahan. Ini dapat mengekstraksi jumlah berbasis grid seperti orbital molekul dan kerapatan elektron, serta biaya populasi Muliken dan properti lainnya.

Visualisasi

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
CCP1GUIhttp://www.scd.stfc.ac.uk/research/app/40501.aspxGPLC3 
ccwatcherhttp://sourceforge.net/projects/ccwatcherGPLB2 
Gabedithttp://gabedit.sourceforge.netBSDC1 
J-ICEhttp://j-ice.sourceforge.netGPLA1 
QMForgehttp://qmforge.sourceforge.netGPLA1 
wxMacMolPlthttp://brettbode.github.io/wxmacmolpltGPLA1 

CCP1GUI menyediakan antarmuka pengguna grafis ke berbagai kode kimia komputasi dengan penekanan pada integrasi dengan program kimia kuantum GAMESS-UK.

ccwatcher menyediakan antarmuka grafis untuk memantau program kimia komputasi.

Gabedit adalah antarmuka pengguna grafis ke sejumlah besar paket kimia kuantum. Itu dapat membuat file input dan memvisualisasikan hasil perhitungan secara grafis.

J-ICE adalah penampil berbasis Jmol untuk properti kristalografi dan elektronik yang dapat digunakan sebagai applet Java yang tertanam dalam browser web.

QMForge menyediakan antarmuka pengguna grafis untuk menganalisis dan memvisualisasikan hasil perhitungan DFT kimia kuantum (Gaussian, ADF, GAMESS, Jaguar, NWChem, ORCA, QChem). Analisis meliputi sejumlah analisis populasi, urutan obligasi Mayer, dekomposisi biaya, dan analisis fragmen.

wxMacMolPlt adalah GUI multi-platform untuk mengatur dan memvisualisasikan file input dan output untuk perangkat lunak kimia kuantum GAMESS.

Dinamika Ligan dan Perhitungan Energi Gratis

Perangkat Lunak Simulasi

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
Camparihttp://campari.sourceforge.netGPLB1 
DL_POLY Klasikhttp://www.ccp5.ac.uk/DL_POLY_CLASSIC/BSDC3 
GALAMOSThttp://galamost.ciac.jl.cnGPLA2 
Gromachttp://www.gromacs.orgLGPLA1 
Iphigeniahttps://sourceforge.net/projects/iphigenieGPLA2 
LAMMPShttp://lammps.sandia.govGPLA1 
MDynaMixhttp://www.fos.su.se/~sasha/mdynamixGPLA1 
MMTKhttp://dirac.cnrs-orleans.fr/MMTKCeCILLC1 
OpenMMhttps://simtk.org/home/openmmGPL / MITA1 
ProtoMolhttp://protomol.sourceforge.netGPLC1 
ProtoMShttp://www.essexgroup.soton.ac.uk/ProtoMSGPLA2 
Bapakhttp://siremol.orgGPLC2 
WESTPAhttps://westpa.github.io/westpaGPLA2 
merengguthttp://getyank.orgLGPLA2 

Campari melakukan pengambilan sampel biopolimer Monte Carlo yang fleksibel di ruang koordinat internal, dengan rutin analisis internal untuk memperkirakan sifat struktural dan dukungan untuk pertukaran replika dan pengambilan sampel Wang-Landau.

DL_POLY Classic adalah paket simulasi dinamika molekul tujuan umum yang dapat berjalan secara paralel dan mencakup antarmuka pengguna grafis Java.

GALAMOST (GPU dipercepat toolkit simulasi molekuler skala besar) menggunakan komputasi GPU untuk melakukan dinamika molekul tradisional dengan fokus khusus pada sistem polimer pada skala mesoscopic.

Gromacs adalah paket lengkap dan mapan untuk simulasi dinamika molekul yang memberikan kinerja tinggi pada CPU dan GPU. Ini dapat digunakan untuk energi bebas dan perhitungan QM / MM dan mencakup seperangkat alat analisis yang komprehensif.

Iphigenie adalah program mekanika molekuler yang menampilkan medan gaya yang dapat dipolarisasi, bidang reaksi HADES, dan simulasi hibrida QM / (P) MM.

LAMMPS (Skala Besar Atom / Molecular Massively Parallel Simulator) adalah simulator dinamika molekul klasik yang sangat modular yang mencakup beragam potensi energi dan integrator.

MDynaMix adalah paket dinamika molekul tujuan umum dasar.

MMTK (Molecular Modeling Toolkit) adalah perpustakaan yang ditulis dengan Python (dengan beberapa bagian penting ditulis dalam C) untuk membangun dan mensimulasikan sistem molekuler. Kemampuannya meliputi dinamika molekul, minimalisasi energi, dan analisis mode normal dan sangat cocok untuk pengembangan metode.

OpenMM adalah toolkit substansial untuk simulasi dinamika molekul kinerja tinggi yang mencakup dukungan untuk akselerasi GPU.

ProtoMol, dan binding MDLab Python yang terkait, menyediakan kerangka kerja berorientasi objek untuk algoritma prototyping untuk simulasi dinamika molekul dan termasuk antarmuka ke OpenMM.

ProtoMS adalah program simulasi biomolekul Monte Carlo yang dapat digunakan untuk menghitung energi bebas relatif dan absolut serta penempatan air dengan metodologi GCMC dan JAWS.

Sire adalah kumpulan perpustakaan modular yang dimaksudkan untuk memfasilitasi prototyping cepat dan pengembangan algoritma baru untuk simulasi molekuler dan desain molekul. Ini memiliki aplikasi untuk pengaturan sistem, simulasi, dan analisis.

WESTPA (Toolkit Simulasi Ensembel Tertimbang dengan Paralelisasi dan Analisis) adalah perpustakaan untuk melakukan simulasi ensembel tertimbang untuk sampel peristiwa langka dan menghitung kinetika yang ketat.

yank dibangun dari OpenMM dan menyediakan antarmuka Python untuk melakukan perhitungan energi bebas alkimia.

Pengaturan dan Analisis Simulasi

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
AmberToolshttp://ambermd.orgGPLA1 
LOOShttp://grossfieldlab.github.io/loos/GPLA1 
lsfitparhttp://mackerell.umaryland.edu/~kenno/lsfitparGPLA2 
Analisis MDAhttp://mdanalysis.orgGPLA1 
MDTrajmdtraj.orgLGPLA1 
MEMBPLUGINhttps://sourceforge.net/projects/membpluginGPLC1 
MEPSAhttp://bioweb.cbm.uam.es/software/MEPSAGPLA3 
MSMBuilderhttp://msmbuilder.orgLGPLA1 
packmolhttp://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmolGPLA1 
PDB2PQRhttp://www.poissonboltzmann.orgBSDA1 
DIKUMPULKANhttp://www.plumed.orgLGPLA1 
ProDyhttp://prody.csb.pitt.eduDENGANA1 
Pteroshttp://pteros.sourceforge.netArtistikB2 
PyEMMAhttp://www.emma-project.orgLGPLA1 
PyREDhttp://upjv.q4md-forcefieldtools.orgGPLC1 
PYTRAJhttps://github.com/Amber-MD/pytrajGPLA1 
simpletrajhttps://github.com/arose/simpletrajGPLA2 
MEMUKULhttp://membrane.urmc.rochester.edu/content/whamBSDC1 

AmberTools adalah komponen open source dari paket Amber non-open source dan menyediakan rangkaian besar program analisis. Pada Amber15, AmberTools menyertakan kode dinamika molekuler sander yang kinerjanya lebih rendah, tetapi dapat diperpanjang.

LOOS (Pustaka Berorientasi Objek Ringan) adalah pustaka C ++ (dengan ikatan Python) untuk membaca dan menganalisis lintasan dinamika molekuler yang juga mencakup sejumlah program mandiri.

lsfitpar mendapatkan parameter berikat untuk medan gaya Kelas I dengan melakukan kecocokan yang kuat terhadap pemindaian energi potensial yang disediakan oleh pengguna.

MDAnalysis adalah perpustakaan Python untuk membaca dan menganalisis simulasi dinamika molekuler dengan beberapa bagian kritis waktu yang ditulis dalam C.

MDTraj menyediakan pembacaan, penulisan, dan analisis kinerja tinggi lintasan dinamika molekul dalam beragam format dari antarmuka Python.

MEMBPLUGIN menganalisis simulasi dinamika molekuler lipid bilayers dan paling umum digunakan sebagai plugin VMD.

MEPSA (Analisis Jalur Energi Minimum) menyediakan alat untuk menganalisis lanskap energi dan jalur.

MSMBuilder adalah aplikasi dan pustaka Python untuk membangun model Markov dari data lintasan dimensi tinggi.

packmol adalah utilitas untuk pengaturan sistem molekuler dengan mengemas molekul secara realistis untuk mematuhi berbagai kendala dan dapat membuat campuran pelarut dan bilayer lipid.

PDB2PQR menyiapkan struktur untuk perhitungan elektrostatik dengan menambahkan hidrogen, menghitung sidechain pKa, menambahkan atom berat yang hilang, dan menetapkan parameter yang bergantung pada medan gaya; pengguna dapat menentukan pH sekitar.

Antarmuka PLUMED dengan bermacam-macam paket perangkat lunak dinamika molekul untuk menyediakan antarmuka terpadu untuk melakukan perhitungan energi gratis menggunakan metode seperti metadinamika, pengambilan sampel payung, dan kemudi MD (Jarzynski).

ProDy adalah toolkit Python untuk menganalisis protein dan termasuk fasilitas untuk analisis lintasan dan prediksi druggability menggunakan simulasi probe molekuler.

Pteros adalah pustaka C ++ (dengan ikatan Python) untuk membaca dan menganalisis lintasan dinamika molekul.

PyEMMA adalah perpustakaan Python untuk melakukan analisis kinetik dan termodinamika simulasi dinamika molekuler menggunakan model Markov.

PyRED menghasilkan biaya RESP dan ESP untuk bidang AMBER, CHARMM, OPLS, dan Glycam dan gaya.

PYTRAJ adalah antarmuka Python ke cpptrajalat AmberTools.

simpletraj adalah perpustakaan Python ringan untuk parsing lintasan dinamika molekul.

WHAM (Weighted Histogram Analysis Method) menghitung potensi kekuatan rata-rata (PMF) dari simulasi sampling payung.

Pemutaran Virtual dan Desain Ligan

Berbasis Ligan

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
ACPChttps://github.com/UnixJunkie/ACPCBSDB2 
Sejajarkan ituhttp://silicos-it.beLGPLC3 
Open3DALIGNhttp://open3dalign.sourceforge.netGPLB2 
KERTAShttps://simtk.org/home/paperGPLC2 
Apotekerhttp://pharmer.sf.netGPLB1 
Farmasihttp://pharmit.sf.netGPLA3 
Bentuk-ituhttp://silicos-it.beLGPLC3 
USRCAThttps://bitbucket.org/aschreyer/usrcatDENGANC2 

ACPC (AutoCorrelation of Partial Charges) menghitung kesamaan ligan berdasarkan rotasi dan deskriptor elektrostatik invarian.

Align-it TM adalah penerus Pharao dan menyelaraskan dan skor representasi 3D dari molekul berdasarkan fitur farmakofor mereka. Ini termasuk plugin untuk integrasi dengan PyMOL.

Open3DALIGN melakukan penyelarasan molekul benda tegar tanpa pengawasan.

PAPER melakukan perataan dipercepat GPU dari bentuk molekul menggunakan overlay Gaussian.

Pharmer menggunakan struktur data yang efisien untuk dengan cepat menyaring perpustakaan besar untuk konformasi ligan yang cocok dengan farmakofor.

Pharmit adalah penerus dari Pharmer yang juga menggabungkan pencocokan bentuk dan minimalisasi energi (jika struktur reseptor tersedia) sebagai bagian dari layar. Ini terutama dimaksudkan untuk digunakan sebagai backend ke layanan web.

Shape-it TM menggunakan volume Gaussian untuk menyelaraskan dan menilai bentuk molekul.

USRCAT melakukan “pengenalan bentuk ultra-cepat” dengan penambahan informasi farmakoforik dengan cepat menyaring pustaka senyawa untuk molekul serupa.

Docking dan Scoring

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
ADpluginhttps://github.com/ADpluginLGPLA2 
APBShttp://www.poissonboltzmann.orgBSDA1 
Kunci Otomatishttp://autodock.scripps.eduGPLC1 
AutoDock Vinahttp://vina.scripps.eduApacheC1 
Clusterizer-DockAccessorhttp://cheminf.com/software/clusterizer_dockaccessorGPLA3 
DockoMatichttps://sourceforge.net/projects/dockomaticLGPLB1 
Doviehttp://bhsai.org/softwareGPLC2 
idockhttps://github.com/HongjianLi/idockApacheA2 
MUSIM SEMIhttp://www.esa.ipb.pt/~ruiabreu/molaGPLC2 
NNScorehttp://nbcr.ucsd.edu/data/sw/hosted/nnscoreGPLC1 
Paradockhttps://github.com/cbaldauf/paradocksGPLA2 
PyRxhttp://pyrx.sourceforge.netBSDA1 
rDockhttp://rdock.sourceforge.netLGPLC1 
Sepatu RFhttps://github.com/HongjianLi/RF-ScoreApacheA2 
BENIHhttps://gitlab.com/CaflischLab/SEEDGPLA1 
sminahttps://sourceforge.net/projects/sminaGPLA1 
VHELIBShttp://urvnutrigenomica-ctns.github.io/VHELIBSGPLA2 
VinaLChttp://mvirdb1.llnl.gov/static_catsid/vinaApacheC2 
VinaMPIhttp://cmb.ornl.gov/~sekApacheC2 
Zodiakhttps://sourceforge.net/projects/zodiac-zedenGPLC1 

ADplugin adalah plugin untuk PyMOL untuk berinteraksi dengan AutoDock dan AutoDock Vina.

APBS melakukan perhitungan energi bebas solvasi menggunakan metode pelarut implisit Poisson-Boltzmann.

AutoDock adalah program dok otomatis yang menggunakan fungsi skoring semiempirial berbasis fisika yang dipetakan ke grid tipe atom untuk mengevaluasi pose dan algoritma genetika untuk menjelajahi ruang konformasi. Ini mencakup kemampuan untuk memasukkan fleksibilitas sidechain dan docking kovalen.

AutoDock Vina adalah basis kode dan pendekatan yang sepenuhnya terpisah dari Autodock yang dikembangkan dengan fokus pada kinerja runtime dan kemudahan pengaturan sistem. Ini menggunakan fungsi penilaian sepenuhnya empiris dan optimizer global pencarian lokal iterated untuk menghasilkan pose merapat. Ini termasuk dukungan untuk sidechains multi-threading dan fleksibel.

Clusterizer-DockAccessor adalah alat untuk mengakses kualitas protokol dok. Ini berinteraksi dengan sejumlah sumber terbuka dan alat gratis.

DockoMatic menyediakan antarmuka pengguna grafis untuk mengatur dan menganalisis pekerjaan docking AutoDock dan AutoDock Vina, termasuk ketika dijalankan pada sebuah cluster. Ini juga mencakup kemampuan untuk menjalankan layar virtual terbalik (menemukan protein yang mengikat ligan tertentu) dan dukungan untuk konstruksi model homologi.

DOVIS adalah perpanjangan dari AutoDock 4.0 yang menyediakan paralelisasi pekerjaan skrining virtual besar yang lebih efisien.

idock adalah program docking multi-ulir yang mencakup dukungan untuk fungsi penilaian AutoDock Vina dan fungsi penilaian hutan acak. Saya dapat menampilkan informasi energi bebas per-atom untuk deteksi hotspot.

MOLA adalah distribusi AutoDock dan AutoDock Vina yang telah dikemas sebelumnya untuk penempatan pada cluster komputasi multi-platform.

NNScore menggunakan model jaringan saraf untuk menilai pose protein-ligan.

Paradocks adalah program docking paralel yang mencakup sejumlah metaheuristik berbasis populasi, seperti optimisasi kerumunan partikel, untuk menjelajahi ruang pose potensial.

PyRx adalah antarmuka visual untuk AutoDock dan AutoDock Vina yang menyederhanakan pengaturan dan analisis alur kerja dok. Masa depannya sebagai solusi open-source diragukan karena perubahan komersialisasi baru-baru ini.

rDock dirancang untuk docking terhadap protein atau asam nukleat dan dapat memasukkan batasan yang ditentukan pengguna. Ini menggunakan fungsi penilaian empiris yang mencakup istilah luas permukaan yang dapat diakses pelarut. Kombinasi algoritma genetika, Monte Carlo, dan minimisasi simpleks digunakan untuk menjelajahi ruang konformasi. Fungsi penilaian yang berbeda disediakan untuk menghubungkan protein dan asam nukleat.

RF-Score menggunakan pengelompokan hutan acak untuk mencetak pose protein-ligan.

SEED adalah perangkat lunak docking khusus untuk docking fragmen. Algoritme pencariannya lengkap (sekitar residu saku pengikat yang ditentukan pengguna), fungsi penilaian didasarkan pada medan gaya dengan pelarut implisit (CHARMM + CGenFF + general-type solit implisit Born-type)

smina adalah fork dari AutoDock Vina yang dirancang untuk lebih mendukung minimisasi energi dan pengembangan fungsi penilaian kustom (istilah fungsi penilaian dan properti tipe atom dapat ditentukan menggunakan file konfigurasi run-time). Ini juga menyederhanakan proses pengaturan menjalankan docking dengan sidechains fleksibel.

VHELIBS (Validasi HElper untuk LIgands dan Situs Binding) membantu non-kristalografi dalam memvalidasi geometri ligan sehubungan dengan peta kerapatan elektron.

VinaLC adalah garpu dari AutoDock Vina yang dirancang untuk berjalan pada sekelompok mesin multiprosesor.

VinaMPI adalah pembungkus untuk AutoDock Vina yang menggunakan OpenMPI untuk menjalankan layar virtual skala besar pada cluster komputasi.

Zodiac adalah antarmuka visual untuk desain obat berbasis struktur yang mencakup dukungan untuk umpan balik haptic.

Deteksi Saku

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
eFindSitehttp://brylinski.cct.lsu.edu/efindsiteGPLC2 
fpockethttp://fpocket.sourceforge.netGPLC1 
KVFinderhttp://lnbio.cnpem.br/facilities/bioinformatics/software-2GPLB1 
mcvolhttp://www.bisb.uni-bayreuth.de/data/mcvol/mcvol.htmlGPLC2 
pAPChttps://sourceforge.net/projects/papcaBSDC2 
PCShttps://sourceforge.net/projects/cavity-searchGPLC2 
PocketPickerhttp://gecco.org.chemie.uni-frankfurt.de/pocketpickerBSDC1 
POVMhttps://sourceforge.net/projects/povmeGPLC1 

eFindSite menggunakan pemodelan homologi dan pembelajaran mesin memprediksi situs pengikatan ligan dalam struktur protein.

fpocket mendeteksi dan melukiskan rongga-rongga protein menggunakan Voronoi tessellation dan mampu memproses simulasi dinamika molekuler.

KVFinder adalah plugin PyMOL untuk mengidentifikasi dan mengkarakterisasi kantong.

mcvol menghitung volume protein dan mengidentifikasi rongga menggunakan algoritma Monte Carlo.

PAPCA (PocketAnalyzerPCA) adalah utilitas deteksi saku yang dirancang untuk menganalisis ansambel konformasi protein.

PCS (Pocket Cavity Search) mengukur volume rongga internal dan mengevaluasi lingkungan residu terionisasi.

PocketPicker adalah plugin PyMOL yang secara otomatis mengidentifikasi potensi situs pengikatan ligan menggunakan deskriptor bentuk berbasis kotak.

POVME (POcket Volume MEasurer) adalah alat untuk mengukur dan mengkarakterisasi volume saku yang mencakup antarmuka pengguna grafis.

Desain Ligan

NamaURLLisensiAktivitasKutipan
Klik AutoChickhttps://sourceforge.net/projects/autoclickchemGPLC2 
AutoGrowhttp://autogrow.ucsd.eduGPLA1 
aku tumbuhhttps://github.com/HongjianLi/igrowApacheA3 
OpenGrowthhttp://opengrowth.sf.netGPLA1 

AutoClickChem tampil dalam kimia klik silico untuk menghasilkan perpustakaan besar senyawa yang dapat diakses secara sintetis.

AutoGrow menggunakan algoritma genetika untuk mengeksplorasi ruang reaktan dan reaksi yang dapat diakses melalui AutoClickChem dan mengidentifikasi senyawa yang merapat dengan baik menggunakan AutoDock Vina.

igrow, seperti AutoGrow, menggunakan algoritma genetika tetapi mengubah ligan menggunakan pertukaran cabang dan menggunakan idock sebagai protokol evaluasi docking yang mendasarinya.

OpenGrowth mengumpulkan calon ligan dengan menghubungkan fragmen organik kecil di situs aktif protein. Ini termasuk antarmuka pengguna grafis.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *