UCSF Chimera: Sistem Pemodelan Molekuler

UCSF Chimera adalah program yang sangat luas untuk visualisasi interaktif dan analisis struktur molekul dan data terkait, termasuk peta kerapatan, rakitan supramolekul, penyejajaran urutan, hasil docking, lintasan, dan ansambel konformasi.

Download

Chimera pada Platform Microsoft Windows 64-bit

AMD64 / EMT64 64-bit Microsoft Windows versi dikompilasi dengan Microsoft Visual Studio 2010 pada Windows 7. Itu harus menjalankan Windows 7, 8, 8.1, dan 10, tetapi kami hanya menguji pada Windows 7 dan 10.

Pengunduhan dan Instalasi

Inilah yang perlu Anda lakukan agar chimera bekerja di sistem Windows Anda:(1) Jika Anda ingin Chimera digunakan oleh banyak pengguna:Instal Chimera sebagai administrator.(2) Unduh rilis Chimera .Kami menyarankan Anda menggunakan rilis produksi terbaru. Namun, Anda mungkin ingin mencoba rilis harian yang memiliki fitur terbaru tetapi kurang teruji dibandingkan rilis produksi.

Sebagian kecil browser dapat mengunduh file tersebut sebagai chimera-get.py. Jika milik Anda, ubah nama file untuk chimera-installer.exekemudian jalankan file yang dapat dieksekusi yang diunduh. Itu harus menginstal semua yang Anda butuhkan. Anda juga harus membaca catatan rilis .

Jika Anda mengalami kesulitan mengunduh distribusi, coba tautan ini sebagai tes sederhana untuk melihat apakah ukuran distribusi Chimera menyebabkan masalah. Tautan tersebut harus mengunduh program Python kecil ke komputer Anda. Satu-satunya perbedaan antara ini dan unduhan distribusi Chimera adalah ukuran file, jadi jika tautan berfungsi maka sesuatu di lingkungan Anda memblokir pengunduhan file yang sangat besar. Jika unduhan tes ini tidak berfungsi, maka sesuatu di lingkungan Anda memblokir unduhan file biner apa pun (unduhan dikirim menggunakan jenis konten http dari “application / octet-stream”). Selanjutnya Anda harus mencoba mengunduh distribusi Chimera ke komputer lain atau dari jaringan lain yang Anda yakini tidak menggunakan server web proxy.(3) Jalankan penginstal chimera:Jika Anda memilih untuk menyimpan penginstal chimera, daripada langsung menjalankannya, jalankan sekarang.(4) Periksa ulang apakah pintasan telah dibuat:Jika diminta, setelah instalasi harus ada pintasan tambahan untuk chimera di desktop. Seharusnya ada juga menu UCSF Chimera di menu Start \ Programs dengan berbagai pintasan.

Memilih kartu grafis

Karena gambar yang ditampilkan oleh Chimera dirancang untuk dimanipulasi secara interaktif, akselerasi grafis tiga dimensi perangkat keras sangat diinginkan, terutama ketika memvisualisasikan dan memanipulasi struktur protein besar. Chimera tidak akan bekerja dengan baik pada komputer yang tidak memiliki prosesor cepat atau kartu grafis OpenGL yang berkinerja baik. (Dan hanya karena komputer Anda berfungsi baik dengan game, Quake tidak berarti ia akan bekerja dengan baik dengan aplikasi ilmiah seperti Chimera.) Memilih kartu grafis itu sulit, tergantung pada ukuran struktur yang ingin Anda visualisasikan sebagai baik fitur lain yang Anda butuhkan ( mis, biaya rendah, dukungan layar besar, stereo perangkat keras di jendela). Untuk membantu Anda memilih kartu grafis, lihat tolok ukur chimera . Lihat juga informasi kami tentang stereo perangkat keras .

Driver Grafik

Seringkali apa yang tampak sebagai bug chimera, sebenarnya adalah bug pada driver grafis. Karena itu, kami sangat menyarankan Anda 

memperbarui driver grafis Anda ke yang terbaru tersedia. Secara umum, kami sarankan untuk mendapatkan driver dari pemasok chip grafis, 

AMD , 

NVIDIA , atau 

Intel . Tetapi dalam beberapa kasus, biasanya untuk komputer laptop, Anda harus mendapatkan driver baru situs web pembuat komputer Anda (dan menemukan tidak ada – satu-satunya solusi adalah meminta pembuat komputer untuk yang baru).

Pemindahan

Untuk menghapus chimera, lakukan salah satu dari:

  1. Buka Panel Kontrol dan temukan Program atau Program dan Fitur atau Tambah atau Hapus Alat program (nama alat berubah dengan versi Windows), dan hapus instalan chimera. Atau,
  2. Jalankan uninstaller dari menu Start \ All Programs \ UCSF Chimera \ Uninstall Chimera

Current Production Releases

Microsoft Windows 64-bitchimera-1.14-win64.exe
Size: 152229635 bytes
MD5: a3eddc25f84e55c4c49ff6f6f6f7643b
Nov 13, 2019Instructions 
Documentation 
Runs on Windows 7 or later.
Mac OS X 64-bitchimera-1.14-mac64.dmg
Size: 135741903 bytes
MD5: c763aa87af928ae6dc7d39a8f6bf92d5
Nov 13, 2019Instructions 
Documentation 
Runs on Mac OS X 10.10 or later. To start Chimera on 10.15 (Catalina) or later, you need to right-click (or alt-click) on the app icon and choose “Open” from the popup menu. This is only necessary the first time you use it. Thereafter it can be started normally.
Linux 64-bitchimera-1.14-linux_x86_64.bin
Size: 157644313 bytes
MD5: d6e92ee2f988544cd68634a36015a3e1
Nov 13, 2019Instructions 
Documentation 
Compiled on CentOS 5.11.

UCSF Chimera – Memulai

UCSF Chimera - DNA / Netropsin

DNA helix dengan netropsin terikat

Tutorial ini memberikan gambaran umum fitur-fitur dasar di Chimera. Anda dapat berinteraksi dengan Chimera menggunakan menu dan / atau perintah. Fitur dasar Chimera tersedia, tetapi tidak semua fungsi perintah tersedia dalam menu atau antarmuka grafis, dan tidak semua fungsi antarmuka menu atau grafis tersedia dalam perintah. Dengan demikian, sangat berguna untuk membiasakan diri dengan kedua cara berinteraksi dengan Chimera.

Bagian Bekerja dengan menu dan Bekerja dengan perintah terpisah satu sama lain dan (sebagian besar) mencakup operasi yang sama, dilakukan dengan cara yang berbeda. Jika Anda melewati kedua bagian, Anda dapat melewati bagian yang mencakup masalah yang sudah Anda pahami. Anda juga dapat bolak-balik di antara bagian untuk melihat korespondensi antara menu dan operasi perintah.

Garis besar:

Bekerja dengan Menu, Bagian 1 – Manipulasi, Seleksi, dan Rantai

UCSF Chimera - Leucine Zipper

UCSF Chimera dengan 1zik

 Mulai

Mulai Chimera dengan mengklik atau menggandakan klik ikon Chimera (tergantung pada lokasinya). Biasanya, ikon ini akan hadir di desktop. Eksekusi Chimera juga dapat dijalankan dari lokasi instalasinya.

Layar splash akan muncul, untuk diganti dalam beberapa detik oleh jendela Chimera utama yang berisi tampilan grafik atau daftar Akses Cepatdari file yang baru saja digunakan (tidak masalah yang mana, karena membuka struktur akan secara otomatis mengalihkan tampilan ke jendela grafis). Jika Anda suka, perbesar jendelanya dengan mengklik dan menarik sudut kanan bawahnya. Jendela juga dapat dipindahkan dengan mengeklik bilah atas dan menariknya.

Membuka struktur

Sekarang buka struktur. Pilih File → Fetch by ID dari menu dan masukkan 1zik sebagai ID struktur untuk mengambil dari PDB . Struktur akan muncul di jendela grafik; ini adalah ritsleting leusin yang dibentuk oleh dua peptida.

Tampilan awal default adalah pita. Untuk juga menampilkan atom:Tindakan → Atom / Obligasi → tampilkan

Ini menunjukkan semua atom dan ikatan dalam struktur, kecuali yang ada di tulang punggung peptida ditekan oleh tampilan pita. Cara menunjukkan bagian tertentu dari struktur untuk tampilan, pewarnaan, dll. Dibahas di bawah ini . Awalnya, heteroatom (atom selain karbon) diberi kode warna oleh elemen: oksi merah, nitrogen biru, dll . Karbon mempertahankan warna model, dalam hal ini tan.

Sembunyikan pita untuk mengungkapkan atom tulang punggung, lalu perlihatkan pita lagi:Tindakan → Pita → sembunyikan 
Tindakan → Pita → tampilkanTampilan samping

Tampak Samping menunjukkan 1zik

Tampilan samping

Tampilkan Tampilan Sisi untuk penskalaan dan kliping interaktif (menu: Alat → Kontrol Kontrol → Tampilan Sisi ). Secara default, Tampak Samping juga terdaftar di menu Favorites .

Ini menunjukkan versi kecil dari struktur. Coba gerakkan posisi mata (kotak kecil) dan bidang kliping (garis vertikal) dengan mengklik dan menyeret dengan tombol kiri mouse. The Side View akan renormalize sendiri setelah gerakan, sehingga posisi pesawat mata atau kliping mungkin muncul untuk “bangkit kembali,” tapi penyesuaian Anda telah diterapkan.

← Menggunakan mouse

Tombol mousePengubahTindakan
Btn1 (tombol kiri)Rotasi
Btn2 (tombol tengah)Terjemahan XY
Btn3 (tombol kanan)Scaling
Btn1CtrlMemilih (seleksi)
Btn1Ctrl – ShiftTambahan untuk pemilihan (dihapus dari)

Cobalah memanipulasi struktur di jendela utama dengan mouse. Secara default:

  • tombol kiri mouse mengontrol rotasi
  • tombol tengah mouse mengontrol terjemahan XY (panning)
  • tombol kanan mouse melakukan penskalaan (zooming)

Jika Anda menggunakan touchpad atau mouse tombol tunggal, tombol pengubah memungkinkan meniru tombol mouse tengah dan kanan. Ini adalah opsi dan perintah ) pada keyboard Mac . Gerakan multitouch pada Mac touchpad diaktifkan secara default, tetapi dapat dimatikan dalam preferensi (menu: Favorit → Preferensi , kategori Mouse ). Lanjutkan bergerak dan menskalakan struktur dengan mouse di jendela grafis dan Tampilan Samping seperti yang diinginkan sepanjang tutorial.

Ketika fokus mouse ada di jendela grafik (Anda mungkin perlu mengkliknya jika Anda telah berinteraksi dengan jendela yang berbeda), mengarahkan kursor mouse ke atas atom atau ikatan tanpa mengklik tombol apa pun akan menampilkan informasi pengidentifikasian dalam sembulan “balon.” Balon akan hilang saat kursor dipindahkan. Untuk sebuah atom, informasi balon berbentuk:res-name res-num.chain atom-name

Anda dapat melihat dari balon bahwa struktur ini mengandung dua rantai peptida, A dan B, dan air (residu HOH), juga dengan pengidentifikasi rantai A dan B.

Seleksi dengan mouse

Dalam kombinasi dengan tombol pengubah, tombol mouse memiliki fungsi tambahan. Secara default, memilih dari layar (jenis pilihan ) dilakukan dengan Ctrl- menjepit atom atau ikatan dengan tombol kiri mouse, Btn1 . Anda juga dapat menyeret keluar area pilihan dengan Ctrl – Btn1 (menyapu area sebelum melepaskan). Shift – Ctrl – Btn1 menambah atau mengganti pilihan yang ada. Pilihan diuraikan dalam warna hijau, dan menempatkan kursor mouse di atas ikon kaca pembesar hijau di  dekat sudut kanan bawah jendela melaporkan apa yang dipilih dalam “balon.”

Tombol panah dapat digunakan untuk memperluas (  ), mempersempit (  ), atau membalikkan (  ) pilihan. Hirarki untuk memperluas dan mempersempit seleksi dapat mencakup (tergantung pada seleksi awal): atom / ikatan, residu, elemen struktur sekunder protein, set atom terikat, semua atom dengan ID rantai yang sama, seluruh model. Ketika suatu seleksi dibalik, atom yang dipilih menjadi tidak terpilih dan sebaliknya .

Luangkan waktu untuk memilih berbagai bagian struktur. Cara mudah untuk menghapus pilihan (batalkan pemilihan semuanya) adalah dengan menggunakan Ctrl – Btn1 di ruang kosong apa pun di jendela grafis.

Item MenuDeskripsi
Atom / ObligasiMengontrol tampilan dan representasi atom dan ikatan.
PitaMengontrol tampilan dan representasi pita.
PermukaanMengontrol tampilan dan representasi permukaan molekul.
WarnaWarna objek yang dipilih. Target warna dapat dibatasi untuk jenis objek dalam dialog semua opsi .
LabelLabel atom yang dipilih. The residu submenu label residu mengandung atom-atom yang dipilih.
FokusMemfokuskan pandangan pada atom yang dipilih, diperbesar dan diterjemahkan jika perlu.
Setel PivotMengatur pusat rotasi berdasarkan atom yang dipilih tanpa menyesuaikan tampilan.
MemeriksaLuncurkan Inspektur Seleksi ; sama dengan mengklik .
Tulis DaftarMenulis daftar objek yang saat ini dipilih ke file teks yang dapat diuraikan.
Tulis PDBMenulis koordinat atom yang saat ini dipilih ke file PDB.

← Seleksi / Aksi

Secara umum, operasi yang dilakukan dengan Chimera Tindakan menu berlaku untuk saat pemilihan . Pilihan dapat dibuat dengan banyak cara, termasuk dengan menu Select atau dengan mouse (seperti dijelaskan di atas ). Ketika tidak ada yang dipilih, menu Tindakan berlaku untuk semuanya.

Berikut ini akan mewarnai semua residu yang disebut LYS hot pink.Pilih → Residu → Tindakan LYS 
→ Warna → hot pink

Pilihannya disorot dalam warna hijau, dan ikon kaca pembesar di  dekat sudut kanan bawah jendela juga berwarna hijau, menunjukkan bahwa ada sesuatu yang dipilih. Mengosongkan pilihan (membatalkan pilihan) sebelumnya akan mewarnai segalanya:Pilih → Hapus Tindakan Pemilihan 
→ Warna → hot pink

Pilihan menu tertentu juga termasuk rantai ID, elemen, dan banyak kategori atom dan residu lainnya. (Pilihan yang lebih rumit dapat dibangun dengan memotong beberapa pilihan ini, seperti yang ditunjukkan di akhir Bagian 2. )Pilih → Rantai → B 
Tindakan → Warna → 
Tindakan cyan → Pita → sembunyikan 
Pilih → Struktur → 
Tindakan pelarut → Atom / Ikatan → sembunyikan 
Pilih → Kimia → elemen → N 
Tindakan → Atom / Ikatan → bola 
→ Pilih → Hapus Tindakan Pemilihan 
→ Atom / Ikatan → tongkat

Salah satu cara untuk memilih residu spesifik atau rentang residu ada di alat Sequence (Menu Favorites → Sequence , tampilkan urutan untuk rantai A). Ketika jendela urutan memiliki fokus mouse, menempatkan kursor di atas simbol residu dalam urutan menunjukkan informasi untuk residu struktur yang sesuai di bagian bawah jendela. Klik-seret kotak di dalam jendela urutan untuk memilih satu atau lebih residu (bukan hanya mengklik di dalam kotak kuning terang, yang akan memilih seluruh helix), lalu sembunyikan atomnya:Tindakan → Atom / Ikatan → sembunyikan

Keluar dari jendela urutan dan tampilkan semua atom protein lagi:Pilih → Struktur → Aksi protein 
→ Atom / Ikatan → tampilkan

Pewarnaan dapat dibatasi hanya untuk representasi tertentu, seperti atom saja (bukan pita, permukaan, dll. ):Pilih → Residu → Tindakan GLU 
→ Warna → semua opsi

Dalam dialog Tindakan Warna yang dihasilkan :

  1. pilih untuk Tampilkan semua warna (kanan bawah)
  2. ubah Pewarnaan berlaku untuk pengaturan (target) ke atom / ikatan
  3. klik untuk memilih warna apa saja

Perhatikan bahwa hanya atom / ikatan residu yang dipilih dan bukan segmen pita yang berubah warna. Hapus pilihan (menu utama Pilih → Hapus Pilihan ), lalu dalam dialog Tindakan Warna :

  1. ubah target pewarnaan kembali ke semua yang di atas
  2. klik untuk memilih tan (warna terdaftar secara alfabet di bagian semua warna)
  3. klik Tutup untuk mengabaikan dialog

Kembalikan kode warna heteroatom:    Tindakan → Warna → oleh heteroatom

Pewarnaan dengan heteroatom berguna untuk menunjukkan kelompok fungsional, namun menjaga model yang berbeda dapat dibedakan dengan warna karbon yang berbeda.

Coba ambil dua atom dalam residu yang berbeda ( Ctrl- klik dulu, Shift – Ctrl- klik kedua). Tampilkan label residu untuk atom yang telah Anda pilih:Tindakan → Label → residu → nama + specifier

Tindakan → Label → nama akan menunjukkan nama atom sebagai gantinya.) Label 3D ini bergerak seiring dengan struktur dan terutama untuk penggunaan interaktif. Untuk gambar dan film,direkomendasikan Label 2D .

Promosikan pilihan ke seluruh residu dengan panah atas keyboard ↑ atau yang berikut:Pilih → Perluas

Hanya tampilkan atom yang dipilih:Tindakan → Atom / Obligasi → hanya tampilkan

Kosongkan seleksi dengan Ctrl- klik di ruang kosong, seolah-olah memilih “tidak ada.”

Matikan label residu, sembunyikan pita, tampilkan semua atom, dan warna berdasarkan elemen:Tindakan → Label → residu → off 
Tindakan → Pita → sembunyikan 
Tindakan → Atom / Ikatan → tampilkan 
Tindakan → Warna → oleh elemen

The oleh unsur pewarnaan adalah sama dengan heteroatom kecuali itu juga warna-kode karbon (abu-abu).Panel Model Chimera

Panel Model Chimera

← Model dan status model

Secara umum, setiap file koordinat yang dibuka di Chimera menjadi model dengan nomor ID model yang terkait. Model diberi nomor berurutan yang dimulai dengan 0. Panel Model mencantumkan model saat ini dan memungkinkan banyak operasi. Buka alat ini dengan Alat → Kontrol Umum → Panel Model .

Kolom di sisi kiri Panel Model menunjukkan:

  • nomor model ID
  • warna model
  • A (ctive) – apakah diaktifkan untuk bergerak
  • S (hown) – apakah layar diaktifkan
  • nama model

Coba toggling kotak centang untuk melihat apa yang terjadi; model yang tidak diaktifkan untuk gerakan tidak dapat diputar atau diterjemahkan secara interaktif. Dalam daftar fungsi di sisi kanan Panel Modelbukan tombol di bagian bawah), klik tutup untuk menghapus model 1zik . Gunakan tombol Tutup di bagian bawah untuk menutup Panel Model .

Lanjutkan ke Bagian 2 di bawah ini, atau keluar dari Chimera dengan File → Quit .

Bekerja dengan Menu, Bagian 2 – Representasi Molekuler dan Permukaan

← Pengaturan

UCSF Chimera - DNA / Netropsin

Chimera menunjukkan netropsin sebagai bola

Dengan Chimera dimulai seperti yang dijelaskan di awal Bagian 1 , buka struktur yang berbeda. Pilih File → Fetch by ID dari menu dan masukkan 1d86 sebagai ID struktur untuk mengambil dari PDB . Struktur ini mengandung molekul netropsin yang terikat pada DNA heliks ganda, yang awalnya ditunjukkan dengan pita dan representasi bergaya dari gula dan basa asam nukleat.

Putar, terjemahkan, dan skala struktur sesuai kebutuhan untuk mendapatkan tampilan yang lebih baik (lihat Menggunakan mouse untuk meninjau bagaimana ini dilakukan). Lanjutkan memindahkan dan menskalakan struktur yang diinginkan sepanjang tutorial.

Sebuah ditetapkan adalah kombinasi yang telah ditetapkan pengaturan tampilan. Gunakan preset “semua atom”, yang akan menunjukkan DNA sebagai kawat dan netropsin sebagai bola:Preset → Interaktif 2 (semua atom)

Warna karbon putih, lalu lepaskan air:Pilih → Kimia → elemen → 
Tindakan → Warna → putih 
Pilih → Struktur → Tindakan pelarut 
→ Atom / Ikatan → sembunyikan

Ingat bahwa menyembunyikan atom tidak membatalkan pilihan mereka; mereka tetap dipilih, seperti yang ditunjukkan oleh ikon kaca pembesar hijau di  dekat kanan bawah jendela, sampai seleksi dihapus atau diganti dengan pilihan baru.

Nama residu dapat diidentifikasi dengan melihat di menu Select → Residue atau dengan mengarahkan kursor di atas atom atau ikatan untuk melihat informasi dalam “balon” sembulan. Warnai nukleotida yang berbeda warna yang berbeda, misalnya:Pilih → Residu → Tindakan DA 
→ Warna → biru

Secara analog, warna residu DC cyan, residu DG berwarna kuning, dan residu DT magenta. Kosongkan pilihan dengan Pilih → Hapus Pilihan atau Ctrl- klik di ruang kosong.

← Representasi

representasi atom / ikatan

Atom / Ikatan: kawat, tongkat, bola & tongkat, dan bola

Selanjutnya, coba beberapa gaya tampilan, atau representasi yang berbeda.Tindakan → Atom / Ikatan → bola 
Pilih → Rantai → A 
Tindakan → Atom / Ikatan → bola & tongkat 
Pilih → Hapus Tindakan Pilihan 
→ Atom / Ikatan → tongkat

Pita yang ditampilkan secara otomatis menyembunyikan atom mainchain (backbone).Tindakan → Pita → tampilkan 
Tindakan → Pita → Tindakan berujung 
→ Pita → bulatrepresentasi pita

Pita: rata, bermata, dan bulat

DNA dapat ditunjukkan dengan objek nukleotida khusus. Kami akan menunjukkan “lolipop,” kotak, dan tangga.Tindakan → Atom / Ikatan → objek nukleotida → pengaturan

Dalam dialog Nucleotides yang dihasilkan :

  1. set Tampilkan side (gula / base) sebagai ke tabung / slab
  2. atur Tampilkan orientasi pangkalan ke false
  3. klik tab Slab Style , atur style slab ke kurus
  4. klik tab Opsi Slab , atur objek Slab ke ellipsoid
  5. klik Terapkan ; ini adalah “lolipop”

Pengaturan nukleotida dapat diterapkan hanya pada residu yang dipilih (tidak harus semua DNA). Salah satu cara untuk memilih residu spesifik ada di alat Sequence :    Favorit → Urutan

Perlihatkan urutan rantai A dan pilih satu atau beberapa residu di jendela urutan dengan mouse; ini memilih bagian yang sesuai dari struktur. Keluar dari jendela urutan. Dalam dialog Nukleotida (juga di bawah Alat → Penggambaran di menu):

  1. atur Tampilkan orientasi pangkalan ke true
  2. atur objek Slab ke kotak
  3. klik Terapkan ; orientasi dasar ditunjukkan dengan “gundukan”

Hapus pilihan ( Pilih → Hapus Pilihan ), lalu gunakan Nukleotida untuk menampilkan DNA sebagai tangga:tangga nukleotida

Pita dan tangga nukleotida

  1. set Tampilkan side (gula / base) sebagai ke tangga
  2. di Ladder Options , atur radius Rung ke 0,3 Å
  3. klik OK (yang juga akan mengabaikan dialog)

Untuk kembali ke gaya tampilan yang lebih umum, matikan objek nukleotida:    Tindakan → Atom / Ikatan → objek nukleotida → mati

Sembunyikan pita dan perlihatkan semuanya sebagai bola-dan-tongkat:Tindakan → Pita → sembunyikan 
Tindakan → Atom / Ikatan → bola & tongkat

← Permukaan

permukaan molekul

Permukaan molekul (utama)

Akhirnya, bersenang-senanglah dengan permukaan molekul. Ada built-in kategori dalam struktur seperti main dan ligan ; ketika tidak ada yang dipilih, Tindakan → Permukaan → tampilkan menampilkan permukaan utama .Tindakan → Permukaan → tampilkan 
Tindakan → Permukaan → sembunyikan 
Pilih → Struktur → ligan 
Tindakan → Permukaan → tampilkan 
Tindakan → Permukaan → jala

Warna permukaan dapat ditentukan secara terpisah dari warna-warna atom yang mendasarinya. Permukaan ligan berwarna cokelat dan putih karena warna model asli (tan) digunakan untuk permukaan atom yang tidak secara eksplisit diisolasi oleh pengguna, dan di atas, hanya atom karbon yang diubah menjadi putih. Dengan ligan masih dipilih, pilih Tindakan → Warna → semua opsi … untuk membuka dialog Tindakan Warna . Dalam dialog itu:

  1. mengubah Pewarnaan berlaku untuk pengaturan (target) ke permukaan
  2. klik merah
  3. klik Tutup (yang secara otomatis akan mengatur ulang target pewarnaan kembali ke semua yang di atas )

Kosongkan seleksi, ubah kembali ke permukaan padat, dan kemudian undisplay permukaan.Pilih → Hapus 
Tindakan Pemilihan → Permukaan → Tindakan padat 
→ Permukaan → sembunyikan

Sebagai contoh proses seleksi yang lebih rumit, perlihatkan permukaan adenin dan timin deoksinukleotida hanya dalam rantai B:

  1. ubah mode pemilihan: Pilih → Mode Pemilihan → tambahkan
  2. Pilih → Residu → DA
  3. Pilih → Residu → DT
  4. ubah mode pemilihan: Pilih → Mode Pemilihan → intersect
  5. Pilih → Rantai → B
  6. Tindakan → Permukaan → tampilkan

Untuk mempersiapkan operasi selanjutnya, kembalikan mode pemilihan dan hapus pilihan:    Pilih → Mode Pemilihan → ganti 
Pilih → Hapus Pilihan (atau Ctrl- klik di ruang kosong)

Setara baris perintah ( Alat → Kontrol Umum → Baris Perintah ) jauh lebih ringkas, tetapi memerlukan beberapa pengetahuan tentang sintaksis spesifikasi atom:Perintah : surf: da.b, dt.bTerkadang membantu membuat permukaan transparan:    Tindakan → Permukaan → transparansi → 50%

Pilih File → Keluar dari menu untuk mengakhiri sesi Chimera.

← Gambar depan caranya (menu)

Cara membuat ulang gambar di bagian depan tutorial menggunakan menu

(lihat perintah ):UCSF Chimera - DNA / Netropsin

DNA helix dengan netropsin terikat

  1. Pilih File → Ambil dengan ID dan ambil entri PDB 1d86
  2. Gunakan semua atom yang telah disetel:
    • Preset → Interaktif 2 (semua atom)
  3. Atur gaya tampilan agar tetap:
    • Tindakan → Atom / Ikatan → menempel
  4. Hapus air:
    • Pilih → Struktur → pelarut
    • Tindakan → Atom / Ikatan → hapus
  5. Warnai residunya:
    • Pilih → Residu → DA
    • Tindakan → Warna → biru
    • Pilih → Residu → DC
    • Tindakan → Warna → cyan
    • Pilih → Residu → DG
    • Tindakan → Warna → kuning
    • Pilih → Residu → DT
    • Tindakan → Warna → magenta
    • Pilih → Residu → NT
    • Tindakan → Warna → putih
  6. Perluas seleksi ke seluruh rantai dan kemudian ke seluruh model (baik ligan dan utama ), tunjukkan permukaan, buat transparan:
    • Pilih → Perluas
    • Pilih → Perluas
    • Tindakan → Permukaan → Tampilkan
    • Tindakan → Permukaan → transparansi → 40%
  7. Atur pewarnaan hanya untuk permukaan, buat warnanya abu-abu muda:
    • pilih Tindakan → Warna → semua opsi … untuk menampilkan dialog Tindakan Warna , dan dalam dialog itu:
      • mengubah Pewarnaan berlaku untuk pengaturan (target) ke permukaan
      • klik abu-abu terang (biarkan dialog terbuka)
  8. Pilih netropsin lagi, buat permukaannya merah:
    • Pilih → Residu → NT
    • dalam dialog Tindakan Warna :
      • klik merah (biarkan dialog terbuka)
    • Pilih → Hapus Pilihan
  9. Atur pewarnaan ke latar belakang saja, membuatnya putih:
    • dalam dialog Tindakan Warna :
      • ubah target pewarnaan ke latar belakang
      • klik putih
      • klik Tutup (yang secara otomatis akan mengatur ulang target pewarnaan kembali ke semua yang di atas )
  10. Sesuaikan tampilan sesuai keinginan
  11. Simpan gambar:
    • File → Simpan Gambar

Bekerja dengan Perintah, Bagian 1 – Manipulasi, Seleksi, dan Rantai

UCSF Chimera - Leucine Zipper

Chimera dengan Command Line

 Mulai

Mulai Chimera dengan mengklik atau menggandakan klik ikon Chimera (tergantung pada lokasinya). Biasanya, ikon ini akan hadir di desktop. Eksekusi Chimera juga dapat dijalankan dari lokasi instalasinya.

Layar splash akan muncul, untuk diganti dalam beberapa detik oleh jendela Chimera utama yang berisi tampilan grafik atau daftar Akses Cepatdari file yang baru saja digunakan (tidak masalah yang mana, karena membuka struktur akan secara otomatis mengalihkan tampilan ke jendela grafis). Jika Anda suka, perbesar jendelanya dengan mengklik dan menarik sudut kanan bawahnya. Jendela juga dapat dipindahkan dengan mengeklik bilah atas dan menariknya.

Tampilkan Baris Perintah dengan Alat → Kontrol Umum → Baris Perintah . Secara default, Baris Perintah juga tercantum dalam menu Favorites .

Membuka struktur

Sekarang buka struktur. Untuk mengambil struktur entri 1zik dari Protein Data Bank (PDB), gunakan perintah:Perintah : buka 1zikStruktur akan muncul di jendela grafik; ini adalah ritsleting leusin yang dibentuk oleh dua peptida.

Tampilan awal default adalah pita. Untuk juga menampilkan atom:Command : display

Ini menunjukkan semua atom dan ikatan dalam struktur, kecuali yang ada di tulang punggung peptida ditekan oleh tampilan pita. Cara menunjukkan bagian tertentu dari struktur untuk tampilan, pewarnaan,dll. Dibahas di bawah ini . Awalnya, heteroatom (atom selain karbon) diberi kode warna oleh elemen: oksi merah, nitrogen biru, dll . Karbon mempertahankan warna model, dalam hal ini tan.

Sembunyikan pita untuk mengungkapkan atom tulang punggung, lalu perlihatkan pita lagi:Command : ~ ribbon 
Command : ribbon

Banyak perintah memiliki versi “ ~ ” yang melakukan fungsi sebaliknya.Tampilan samping

Tampak Samping menunjukkan 1zik

Tampilan samping

Tampilkan Tampilan Sisi untuk penskalaan dan kliping interaktif:Perintah : mulai Tampilan SisiSecara default, Tampak Samping juga dapat dimulai dari menu Favorit .

Ini menunjukkan versi kecil dari struktur. Coba gerakkan posisi mata (kotak kecil) dan bidang kliping (garis vertikal) dengan mengklik dan menyeret dengan tombol kiri mouse. The Side View akan renormalize sendiri setelah gerakan, sehingga posisi pesawat mata atau kliping mungkin muncul untuk “bangkit kembali,” tapi penyesuaian Anda telah diterapkan.

← Menggunakan mouse

1zik dengan Tyr 17 (rantai B) dipilih

1zik dengan tirosin 17 (rantai B) dipilih

Cobalah memanipulasi struktur di jendela utama dengan mouse. Secara default:

  • tombol kiri mouse Btn1 mengontrol rotasi
  • tombol tengah mouse Btn2 mengontrol terjemahan XY (panning)
  • tombol kanan mouse Btn3 melakukan penskalaan (zooming)

Jika Anda menggunakan touchpad atau mouse tombol tunggal, tombol pengubah memungkinkan meniru tombol mouse tengah dan kanan. Ini adalah opsi dan perintah ) pada keyboard Mac . Gerakan multitouch pada Mac touchpad diaktifkan secara default, tetapi dapat dimatikan dalam preferensi (menu: Favorit → Preferensi , kategori Mouse ). Lanjutkan bergerak dan menskalakan struktur dengan mouse di jendela grafis dan Tampilan Samping seperti yang diinginkan sepanjang tutorial.

Ketika fokus mouse ada di jendela grafik (Anda mungkin perlu mengkliknya jika Anda telah berinteraksi dengan jendela yang berbeda), mengarahkan kursor mouse ke atas atom atau ikatan tanpa mengklik tombol apa pun akan menampilkan informasi pengidentifikasian dalam sembulan “balon.” Balon akan hilang saat kursor dipindahkan. Untuk sebuah atom, informasi balon berbentuk:res-name res-num.chain atom-name

Anda dapat melihat dari balon bahwa struktur ini mengandung dua rantai peptida, A dan B, dan air (residu HOH), juga dengan pengidentifikasi rantai A dan B.

Seleksi dengan mouse

Dalam kombinasi dengan tombol pengubah, tombol mouse memiliki fungsi tambahan. Secara default, memilih dari layar (jenis pilihan ) dilakukan dengan Ctrl- menjepit atom atau ikatan dengan tombol kiri mouse, Btn1 . Selain itu, menekan Shift menambah atau mengalihkan pilihan yang ada. Pilihan diuraikan dalam warna hijau, dan menempatkan kursor mouse di atas ikon kaca pembesar hijau di  dekat sudut kanan bawah jendela melaporkan apa yang dipilih dalam “balon.”

Tombol panah dapat digunakan untuk memperluas (  ), mempersempit (  ), atau membalikkan (  ) pilihan. Hirarki untuk memperluas dan mempersempit seleksi dapat mencakup (tergantung pada seleksi awal): atom / ikatan, residu, elemen struktur sekunder protein, set atom terikat, semua atom dengan ID rantai yang sama, seluruh model. Ketika suatu seleksi dibalik, atom yang dipilih menjadi tidak terpilih dan sebaliknya .

Luangkan waktu untuk memilih berbagai bagian struktur. Cara mudah untuk menghapus pilihan (batalkan pemilihan semuanya) adalah dengan menggunakan Ctrl – Btn1 di ruang kosong apa pun di jendela grafis.

← Perintah / Target

SimbolFungsiPemakaian
#nomor modelmodel (integer)
:residuresidu (nama atau nomor)
:.ID rantai:. rantai
@nama atomatom
*seluruh wildcardcocok seluruh atom atau nama residu,misalnya , : * @ CA menentukan α-karbon dari semua residu
=wildcard parsialcocok dengan sebagian atom atau nama residu, misalnya , @ C =menentukan semua atom dengan nama yang dimulai dengan C
?wildcard satu karakterdigunakan untuk atom dan nama residu saja, misalnya , : G ?? menentukan semua residu dengan nama tiga huruf yang dimulai dengan G
z <penentu zonaz < zona atau zr < zona menentukan semua residu dalam angstrom zonaatom yang ditunjukkan, dan za < zonamenentukan semua atom (bukan seluruh residu) dalam angstrom zonaatom yang ditunjukkan. Menggunakan> alih-alih < memberikan komplemen.
&persimpanganpersimpangan set yang ditentukan
|Persatuanpenyatuan set tertentu
~penyangkalannegasi dari set yang ditentukan (ketika dibatasi ruang)

Perintah Chimera dapat mencakup argumen dan target (atau spesifikasi atom ). Misalnya, dalam perintah warna berikut ,Perintah : warna hot pink: lyshot pink adalah argumen yang menentukan nama warna, dan : lys menentukan bahwa targetnya adalah semua residu bernama LYS.

Jika tidak ada target yang ditentukan, perintah tersebut bekerja pada semua item yang berlaku. Sebagai contoh, berikut ini membuat semuanya hot pink:Perintah : warna hot pinkSpesifikasi dasar dapat berisi nama residu, nomor residu, pengidentifikasi rantai, dan / atau nama atom (lihat tabel simbol, kanan). Perhatikan juga bahwa perintah dapat dipotong ke string unik.Perintah : warna kuning: 20-22 
Perintah : col grey: 20-22.a 
Perintah : ~ disp: hoh.a 
Perintah : col cyan: .b 
Perintah : ~ pita: .b 
Perintah : ~ disp: 5-10.a , 15-20.b 
Perintah : mewakili sphere @ cd2 
Perintah : rep stick 
Perintah : col red: leu.b@ca

Panduan Referensi Cepat Chimera mencantumkan semua perintah dan memberikan beberapa contoh spesifikasi atom. Itu dapat diakses dengan memilih Bantuan → Tutorial dari menu Chimera dan mengklik tautan “Panduan Referensi Cepat Chimera”.

Banyak jenis spesifikasi lain dapat digunakan, termasuk simbol elemen dan klasifikasi bawaan seperti pelarut :Perintah : ~ disp pelarut 
Perintah : warna biru S 
Perintah : disp proteinBantuan perintah dapat digunakan untuk menampilkan halaman buku panduan untuk semua perintah:Perintah : warna bantuanSeperti dijelaskan di halaman manual, perintah warna juga memungkinkan pewarnaan hanya representasi tertentu. Misalnya, “ , a ” dalam arti berikut hanya atom (bukan pita, permukaan, dll. ):Perintah : col gold, a: glu, lysKembalikan pewarnaan asli:Command : col tan 
Command : col byhet

Pewarnaan dengan heteroatom berguna untuk menunjukkan kelompok fungsional, namun menjaga model yang berbeda dapat dibedakan dengan warna karbon yang berbeda.

Coba ambil dua atom dalam residu yang berbeda ( Ctrl- klik dulu, Shift – Ctrl- klik kedua). Berbeda dengan menu Tindakan , perintah tidak secara otomatis bertindak pada pemilihan saat ini. Namun, pilihan saat ini dapat ditetapkan sebagai target perintah dengan kata yang dipilih , sel , atau memilih . Tampilkan label residu untuk atom yang telah Anda pilih:Perintah : rlabel sel

( Perintah label menunjukkan informasi atom sebagai gantinya.) Label 3D dari rlabel dan label bergerak bersama dengan struktur dan terutama untuk penggunaan interaktif. Untuk gambar dan film,direkomendasikan Label 2D .

Perintah berikut dapat digunakan untuk mempromosikan pemilihan ke seluruh residu:Perintah : pilih(Panah papan ketik  juga memperluas pilihan, tetapi Anda mungkin harus mengklik ke jendela grafik terlebih dahulu untuk menggunakan pendekatan itu.) Tampilkan hanya atom yang dipilih:Perintah : tunjukkan selKosongkan seleksi dengan Ctrl- klik di ruang kosong, seolah-olah memilih “tidak ada.”

Matikan label residu, sembunyikan pita, tampilkan semua atom, dan warna berdasarkan elemen:Command : ~ rlab 
Command : ~ ribbon 
Command : disp 
Command : col byelementMewarnai byelement adalah sama seperti byhet kecuali itu juga warna-kode karbon (abu-abu).

← Model dan status model

Secara umum, setiap file koordinat yang dibuka di Chimera menjadi model dengan nomor ID model yang terkait. Model diberi nomor berurutan yang dimulai dengan 0.

Garis model Aktif tepat di bawah Baris Perintah menunjukkan model mana yang diaktifkan untuk gerakan. Menghapus centang kotak untuk 0 membuatnya tidak mungkin untuk memutar atau menerjemahkan model 0 secara interaktif. Mencentang kotak lagi mengembalikan keadaan bergerak. Sederetan kotak centang serupa untuk menampilkan model dapat ditampilkan menggunakan preferensi (menu: Favorit → Preferensi , kategori Baris Perintah ).

Hapus model:Perintah : tutup 0Lanjutkan ke Bagian 2 di bawah ini, ATAU keluar dari Chimera dengan perintah berikut:Perintah : berhenti

Bekerja dengan Perintah, Bagian 2 – Representasi Molekuler dan Permukaan

← Pengaturan

UCSF Chimera - DNA / Netropsin

Chimera dengan Command Line

Dengan Chimera dimulai dan Command Line dibuka seperti yang dijelaskan di awal Bagian 1 , ambil struktur entri 1d86 dari Protein Data Bank (PDB):Perintah : buka 1d86Struktur ini mengandung molekul netropsin yang terikat pada DNA heliks ganda, yang awalnya ditunjukkan dengan pita dan representasi bergaya dari gula dan basa asam nukleat.

Putar, terjemahkan, dan skala struktur sesuai kebutuhan untuk mendapatkan tampilan yang lebih baik (lihat Menggunakan mouse untuk meninjau bagaimana ini dilakukan). Lanjutkan memindahkan dan menskalakan struktur yang diinginkan sepanjang tutorial.

Sebuah ditetapkan adalah kombinasi yang telah ditetapkan pengaturan tampilan. Gunakan preset “semua atom”, yang akan menunjukkan DNA sebagai kawat dan netropsin sebagai bola:Perintah : preset apply int 2Warna karbon putih, lalu lepaskan air:Command : color white C 
Command : ~ dispvent solvent

Nama residu dapat diidentifikasi dengan melihat di menu Select → Residue atau dengan mengarahkan kursor di atas atom atau ikatan untuk melihat informasi dalam “balon” sembulan. Warnai nukleotida yang berbeda warna yang berbeda, tentukan dengan nama residu:Perintah : warna biru: da 
Perintah : warna cyan: dc 
Perintah : warna kuning: dg 
Perintah : warna magenta: dt

← Representasi

tangga nukleotida

Pita dan tangga nukleotida

Selanjutnya, coba beberapa gaya tampilan, atau representasi yang berbeda.Command : represent sphere 
Command : repr bs: .a 
Command : rep stickPerhatikan bahwa perintah tetapi tidak harus argumen kata kunci mereka dapat dipotong ke string unik. Sebagai contoh, perintah represent dapat disingkat menjadi repr atau rep tetapi tidak kembali (karena perintah lain juga mulai dengan re ), sedangkan kata kunci yang menempel , bola , dll tidak dapat dipotong. Jika pemotongan tidak unik, salah satu perintah yang sesuai akan dieksekusi, tetapi mungkin bukan yang dimaksudkan.

Pita yang ditampilkan secara otomatis menyembunyikan atom mainchain (backbone).Command : ribbon 
Command : ribrep edged 
Command : ribr roundedDNA dapat ditunjukkan dengan objek nukleotida khusus. Kami akan menunjukkan “lolipop,” kotak dengan tonjolan orientasi, dan kemudian tangga. Anda dapat menyalin dan menempel ke Baris Perintah . Isi baris perintah dapat diedit, dan perintah yang lalu dapat diakses menggunakan tombol panah atas dan bawah atau Ctrl-p (sebelumnya) dan Ctrl-n (berikutnya).

Perintah : 

tabung sisi nuc / bentuk pelat ellipsoid orient gaya palsu kurus 
Perintah : 

tabung sisi nuc / bentuk kotak slab berorientasi gaya benar kurus: 8-10.a 
Perintah : 

nuc sisi tangga radius 0,3Untuk kembali ke gaya tampilan yang lebih umum, matikan objek nukleotida:

Perintah : 

~ nucSembunyikan pita dan perlihatkan semuanya sebagai bola-dan-tongkat:

Command : 

~ ribbon 
Command : 

rep bs

← Permukaan

UCSF Chimera - DNA / Netropsin dengan permukaan

Chimera menunjukkan permukaan transparan

Akhirnya, bersenang-senanglah dengan permukaan molekul. Ada built-in kategori dalam struktur seperti main dan ligan ; ketika tidak ada yang ditentukan, permukaan menunjukkan permukaan utama .Command : surface 
Command : ~ surf 
Perintah : surf ligand
   – OR – (setara) 
Perintah : surf: ntWarna permukaan dapat ditentukan secara terpisah dari warna-warna atom yang mendasarinya. Permukaan ligan berwarna cokelat dan putih karena warna model asli (tan) digunakan untuk permukaan atom yang tidak secara eksplisit diisolasi oleh pengguna, dan di atas, hanya atom karbon yang diubah menjadi putih. Tampilkan permukaan ligan sebagai jala merah:Perintah : surfrep mesh 
Perintah : warna merah, s ligan 
Perintah : surfrep solidBagian dari suatu permukaan dapat ditunjukkan:Perintah : ~ surf 
Perintah : surf: da, dt 
Perintah : ~ surf 
Perintah : surf: da.b, dt.b
Terkadang membantu membuat permukaan transparan:Perintah : transp 50, sSetelah selesai, keluar dari Chimera:Perintah : berhenti sekarang

← Gambar depan caranya (perintah)

Cara membuat ulang gambar di bagian depan tutorial menggunakan perintah (lihat pendekatan menu ):UCSF Chimera - DNA / Netropsin

DNA helix dengan netropsin terikat

  1. Ambil 1d86:
    • Perintah : buka 1d86
  2. Gunakan semua atom yang telah disetel:
    • Perintah : preset apply int 2
  3. Atur gaya tampilan agar tetap:
    • Perintah : tongkat repr
  4. Hapus air:
    • Perintah : del solvent
  5. Warnai residunya:
    • Perintah : warna biru: da
    • Perintah : warna cyan: dc
    • Perintah : warna kuning: dg
    • Perintah : warna magenta: dt
    • Perintah : warna putih: nt
  6. Tampilkan permukaan untuk seluruh model (baik ligan dan utama ), buat transparan:
    • Perintah : surf # 0
    • Perintah : surftrans 40
  7. Warna abu-abu terang permukaan utama (DNA) dan ligan (netropsin) permukaan merah:
    • Perintah : warna abu-abu muda, s utama
    • Perintah : warna merah, ligan
  8. Ubah warna latar menjadi putih:
    • Perintah : set bg_color white
  9. Sesuaikan tampilan sesuai keinginan
  10. Simpan gambar:
    • Perintah : salin file png ~ / Desktop / myfile.png

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *