Instalasi Gromacs Di Windows

Kompilasi menggunakan Cygwin

Menginstal GROMACS pada instalasi Cygwin yang sudah ada sangatlah mudah, dan prosedurnya dijelaskan di sini . Dengan rilis Gromacs 4.5.1, membangun di Windows tanpa Cygwin menjadi jauh lebih mudah (lihat di bawah), meskipun masih tidak sesederhana menggunakan Cygwin. Ada juga beberapa paket biner lama di sini untuk Windows.

Cobalah untuk menghindari keharusan mengingat bahwa Anda menggunakan mesin Windows. Hidup akan jauh lebih baik jika Anda melakukan semua pekerjaan GROMACS Anda menggunakan cangkang Cygwin (misalnya untuk mengatur variabel lingkungan) dan dengan editor Cygwin ( emacs , vi ), kecuali jika Anda menikmati “deretan akhir rasa sakit” dan tahu cara menggunakan dos2unix / unix2dos . Keterampilan ini semua diperlukan setiap kali Anda menggunakan GROMACS di dunia nyata komputasi kinerja tinggi non-Windows dan Anda harus merencanakan hidup Anda sehingga platform komputasi utama Anda tidak menjalankan Windows. Dengan demikian, mempelajari alur kerja yang dapat ditransfer adalah hal yang baik.

Kompilasi tanpa Cygwin

Garis besar berikut ini dilakukan dari memori dan harus bekerja pada Windows XP atau yang lebih baru. Saya belum mencoba “segar” mengikuti instruksi ini, karena saya tidak ingin membuat perubahan pada lingkungan build yang stabil. Ketika saya mendapat kesempatan, saya akan mengerjakan tutorial ini pada instalasi Windows baru dan mengisi kekosongan. 

Mempersiapkan sistem Anda:

  1. Instal Microsoft Visual Studio (2008 atau yang lebih baru harus berfungsi, versi ekspres juga dapat berfungsi; rilis 2016 dan yang lebih baru memerlukan Visual Studio 15 atau lebih baru)
  2. Instal ICC + MKL jika diinginkan (ICC + MKL dapat memberikan peningkatan kecepatan hingga 15%).
  3. Instal NASM.
  4. Instal CMake (2.8 dan 2.9 telah diuji pada mesin saya)

Kompilasi GROMACS:

  1. Unduh kode sumber
  2. Jalankan CMake
  3. Tentukan direktori kode sumber di kotak “Di mana kode sumber”
  4. Tentukan lokasi yang berbeda untuk meletakkan GROMACS yang dibangun di dalam kotak “Di mana akan membangun binari”
  5. Konfigurasikan. (Ya, untuk membuat direktori. Ketika ditanya tentang generator, temukan yang sesuai dengan pengaturan kompiler yang Anda inginkan, mis. Visual Studio 2008)
  6. Pada titik ini, CMake mungkin berhenti karena tidak dapat menemukan FFTW. Jika Anda memiliki instalasi FFTW, beri tahu GROMACS di mana itu dan pustaka mana yang menggunakan opsi: FFTW3F_INCLUDE_DIR dan FFTW3F_LIBRARYJika Anda tidak ingin menggunakan FFTW3F, Anda juga dapat mengatur GMX_FFTW_LIBRARY ke beberapa opsi lain. fftpack harus bekerja pada semua sistem (tanpa menginstal perangkat lunak tambahan); Namun, fftpack dapat memberikan penurunan kinerja yang signifikan pada operasi FFT (seperti PME). Jika Anda memiliki Intel MKL, Anda juga dapat memilih opsi itu. 
  7. Saya memilih GMX_FFTW_LIBRARY = mkl untuk tutorial ini. Klik configure, dan CMake akan berhenti dan meminta bantuan menemukan MKL. Nilai yang tepat tergantung pada versi MKL Anda dan detail instalasi, tetapi pada mesin saya lokasi MKL_INCLUDE_DIR = C: \ Program Files (x86) \ Intel \ MKL \ 10.2.4.032 \ termasuk \PERTANYAAN UNTUK PERANGKAT: Bendera bantuan di MKL_LIBRARY sebenarnya mengatakan “Path to library”, tapi saya tidak berpikir itulah yang dicari opsi ini (ketika saya memberikan path di sini, CMake memberikan sekitar 500 peringatan).MKL_LIBRARY sedikit rumit, karena MKL memiliki banyak pilihan di sini. Secara khusus, MKL memungkinkan Anda untuk memilih model threading dan model integer. Untuk tujuan saya, saya gunakanuntuk 32 bit: MKL_LIBRARY = mkl_intel_c.lib mkl_core.lib mkl_afterential.lib libguide.lib untuk 64 bit: MKL_LIBRARY = mkl_solver_lp64_ followingential.lib mkl_intel_lp64.lib mkl_ollowential.lib mkl_core.lib
  8. Tekan konfigurasikan lagi, dan lagi jika perlu. Akhirnya tekan menghasilkan.
  9. Pergi ke Visual Studio. Jika Anda ingin menggunakan ICC, Anda harus memilih semua executable dan libraries, klik kanan, dan klik build with ICC.
  10. Jika Anda ingin menggunakan MKL: Pilih semua yang dapat dieksekusi, klik kanan, properti. Buka tautan, Direktori Perpustakaan Tambahan. Sekali lagi, jalur yang sebenarnya tergantung pada instalasi MKL Anda, tetapi untuk saya:Untuk 32 bit: C: \ Program Files (x86) \ Intel \ MKL \ 10.2.4.032 \ ia32 \ libUntuk 64 bit: C: \ Program Files (x86) \ Intel \ MKL \ 10.2.4.032 \ em64t \ lib
  11. Kompilasi dan istirahat 10 menit.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *