EMSL Arrows – Revolusi Komputasi Bahan Kimia dan Kimia

Suk mben, mendapatkan sebagian data kimia atau reaksi kimia tidak perlu repot-repot “running” software kimia komputasi di komputer sendiri atau mbuka data di handbook, cukup akses link EMSL Arrows dan blaaarrr…. dah dapat datanya.

Silahkan akses link: https://arrows.emsl.pnnl.gov/api/expert

Apa itu EMSL Arrows?
EMSL Arrows adalah pendekatan revolusioner untuk simulasi bahan dan kimia yang menggunakan basis data NWChem dan komputasi kimia untuk membuat bahan dan pemodelan bahan kimia dapat diakses melalui spektrum luas komunikasi digital termasuk posting ke API web, jejaring sosial, dan email tradisional.

Apakah Anda baru belajar NWChem dan ingin memiliki cara mudah untuk menghasilkan deck input, memeriksa deck output Anda terhadap basis data perhitungan yang besar, melakukan perhitungan termokimia sederhana, menghitung spektrum NMR dan IR molekul ukuran sedang, atau hanya mencoba NWChem sebelum menginstalnya? Layanan ilmiah EMSL Arrows dapat membantu. 

Bagaimana Prosedur Kerjanya?

Apabila mendapat input maka EMSL Arrows akan mencari data di database untuk senyawa dalam reaksi. Jika suatu senyawa tidak ada di sana, perhitungan NWChem disiapkan untuk menghitungnya. Setelah perhitungan selesai, hasilnya dimasukkan ke dalam basis data dan kemudian hasilnya dikirim kembali melalui email atau dimunculkan pada halaman tertentu. Seluruh proses ini sepenuhnya otomatis.

Layanan perangkat lunak ini dikembangkan di Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) di Pacific National National Laboratory, sebuah laboratorium nasional multiprogram, yang dioperasikan untuk Departemen Energi AS oleh Battelle. Dukungan untuk pekerjaan ini diberikan oleh Departemen Energi Kantor Riset Biologis dan Lingkungan, dan program ilmu pengetahuan dan teknologi lingkungan Departemen Pertahanan (SERDP).

Apa Perlunya Arrows EMSL?

Perangkat lunak pemodelan molekuler sebelumnya sangat kompleks, sehingga menjadi penghalang bagi semua kecuali ahli di bidangnya, namun bahkan para ahli pun dapat berjuang untuk melakukan perhitungan. Layanan ini dirancang untuk digunakan oleh para ahli dan non-ahli. Para ahli dapat melakukan dan melacak sejumlah besar perhitungan kompleks dengan beragam tingkat teori yang ada dalam alur kerja mereka. Selain itu, karena input yang ramping dan mudah digunakan, non-pakar dapat melakukan berbagai macam perhitungan pemodelan molekuler yang sebelumnya tidak dapat diakses oleh mereka.

keterangan

Tutorial di YouTube (perangkat seluler)

Klik di sini untuk mencoba Arrows dengan mengirimkannya email

API EMSL Arrows

Kesulitan mensimulasikan sifat termodinamika dan kinetik dari bahan baru berbelit-belit oleh sensitivitas proses pada skala makroskopik terhadap skala atom; perilaku ikatan materi yang tidak biasa dan tidak terduga; suhu ekstrim dan lingkungan tekanan yang kompleks yang mungkin dihadapi; dan persyaratan yang mensimulasikan sebagai parameter bebas mungkin dan sangat dapat diandalkan. Alat kimia kuantum dan mekanika statistik yang dikombinasikan dengan paket paralel canggih seperti NWChem telah terbukti sangat efektif dan produktif. Tidak mengherankan, program yang menerapkan jenis alat ini membuat sebagian besar siklus superkomputer DOE OS. Meskipun perkembangan teoritis ini sangat sukses,

Perangkat lunak pemodelan molekul NWChem mengimplementasikan serangkaian teori molekul yang kuat dan beragam yang dapat memperkirakan termodinamika dan kinetika molekul dan material. Ini bisa dibilang memiliki kemampuan paling dari setiap kode pemodelan molekul saat ini. Masalah dengan NWChem dan kode pemodelan molekul lainnya adalah:

  • Perangkat lunak pemodelan molekuler sangat kompleks, berisi jutaan baris kode, dan membutuhkan waktu lama untuk mengatur dan mempelajari cara menggunakannya.
  • Bahkan input paling dasar untuk perangkat lunak pemodelan molekuler memerlukan penggunaan perangkat lunak lain untuk menghasilkannya.
  • Karena kerumitan ini orang secara tidak wajar mengidentifikasi dengan kode dan teori molekuler, dan mereka ragu untuk mempelajari kode baru dan teknik simulasi molekul baru.

Tujuan dari proyek ini adalah untuk menyediakan pengguna dan alat-alat kimia dan bahan komputasi open-source bagi para pengguna EMSL dan ilmuwan DOE dan disebut EMSL Arrows. EMSL Arrows adalah paket perangkat lunak yang menggabungkan basis data NWChem, SQL dan NOSQL, dan email (di masa depan juga jejaring sosial, misalnya Twitter, Tumblr) yang menyederhanakan pemodelan molekul dan bahan dan membuat kemampuan pemodelan ini lebih mudah digunakan dan lebih mudah diakses oleh banyak ilmuwan dan insinyur.

ArrowsEMSL sangat mudah digunakan. Pengguna hanya mengirim email reaksi kimia ke arrows@emsl.pnnl.gov dan kemudian email dikirim kembali dengan data termodinamika, jalur reaksi (kinetik), spektroskopi, dan hasil lainnya.

EMSL Arrows mem-parsing email dan kemudian mencari database untuk senyawa dalam reaksi. Jika suatu senyawa tidak ada di sana, perhitungan NWChem disiapkan dan dikirimkan untuk menghitungnya. Setelah perhitungan selesai, hasilnya dimasukkan ke dalam basis data dan kemudian hasilnya dikirim kembali melalui email. Seluruh proses ini sepenuhnya otomatis. Untuk memasukkan tipe perhitungan yang berbeda (mis. Gunakan teori pspw, atau fungsi korelasi pertukaran pbe0) SMILES ditambahkan dengan kata kunci {options} tag. Contoh email adalah sebagai berikut:

Kepada: arrows@emsl.pnnl.gov

Subjek: Hitung reaksi isodesmik

Panah :: 
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO: Reaksi
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO ~ teori {pspw}: Reaksi
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) S + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CS: Reaksi
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) S + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CS ~ teori {pm3}: Reaksi
Reaksi: TNT + 3 benzena -> toluena + 3 nitrobenzene ~ xc {pbe}: Reaksi
:: Panah

Hasil yang dikembalikan oleh EMSL Arrows adalah kombinasi dari teks dan output grafis.

Arrowsoutputimage001.png

Saat ini EMSL Arrows dirancang untuk menghitung yang berikut untuk semua teori NWChem:

  • Termodinamika reaksi untuk sistem molekuler
  • Jalur reaksi untuk sistem molekuler
  • UV-vis, IR, spektrum Raman untuk sistem molekuler, spektrum fonon untuk sistem bahan
  • Spektra NMR untuk sistem molekuler dan bahan
  • Spectra EXAFS untuk sistem molekuler dan material
  • Energetika, struktur, dan struktur pita kristal menggunakan angka Crystal Open Database (COD)
  • Berbagai file data dapat dikembalikan termasuk file XYZ, file CIF, file output NWChem

Kami membayangkan bahwa seiring berkembangnya Arrows, Arrows akan menjadi bagian dari siklus tertutup dari penemuan bahan kimia dan bahan yang membutuhkan alat komputasi dan eksperimental terintegrasi yang dikombinasikan dengan sintesis bahan.

Coba EMSL Arrows dengan mengirim email sederhana berikut ke arrows@emsl.pnnl.gov

Mengembalikan hasil b3lyp / 6-311 ++ G (2d, 2p) untuk molekul rasa kayu manis. Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::

molekul: Cinnamaldehyde: molekul

:: Panah


Menggunakan MP2 untuk menghitung energi reaksi dari reaksi hidrolisis untuk TNT . Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::
 
Reaksi: cid = 8376 + hidroksida -> O = N (= O) c1cc (O) c (c (c1) N (= O) = O) C + nitrit ~ teori {mp2}: Reaksi

:: Panah


Contoh reaksi isodesmik . Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::

Reaksi: TNT + 3 benzena -> toluena + 3 nitrobenzene ~ teori {mp2}: Reaksi 
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO: Reaksi
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO ~ xc {pbe}: Reaksi
Reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO ~ teori {pspw}: Reaksi

:: Panah

Contoh kemampuan prediksi reaksi di Arrows. Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::

Predict: 2 methane: Predict

:: Panah

Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::

Predict: TNT + hydroxide: Predict

:: Panah

Ambil dek keluaran NWChem dari Arrows. Klik di sini untuk menjalankan contoh ini.

---------------- mailto: arrows@emsl.pnnl.gov -----------------------
Panah ::

nwoutput: caffeine: nwoutput

:: Panah

Cobalah tautan API web berikut (Sekarang Tersedia untuk Pengujian Alpha)

API EMSL Arrows v1.0

Pengantar ESMILES – Cara Mengubah Teori Perhitungan

String gabungan, “Molecule_Input keyword1 {option1} keyword2 {option2} keywordN {optionN}”, singkatnya disebut “extended smiley” atau “esmiles”. Molecule_Input dapat ditentukan menggunakan berbagai format termasuk string SMILES, nama umum, iupac, nomor kegg, cas, id pubchem, id chemspider, dan string InChI. Tag kata kunci {option} digunakan untuk memasukkan tipe perhitungan yang berbeda untuk suatu molekul, misalnya menggunakan teori pspw, ccsd (t), atau fungsi korelasi pertukaran pbe0.


Berikut ini adalah contoh string esmiles:

Perhitungan DFT pesawat-Gelombang menggunakan LDA dan energi cutoff = 30,0 Ry

Teori c1ccccc1 {pspw} xc {lda} basis {30.0 Ry}

Perhitungan MP2 menggunakan set basis 6-31G *

Teori CCO {mp2} dasar {6-31G *}

CCSD (T) perhitungan etanol

Teori CCO {ccsd (t)} dasar {6-31G *}

Mopac PM3 perhitungan kafein

Teori kafein {pm3}

Perhitungan DFT bidang-gelombang aperiodik triplet cabon tetrachloride

C (Cl) (Cl) (Cl) Cl mult {3} teori {pspw4}

Gas-fase M06-2x / 6-31 + G * perhitungan benzena

teori benzena {dft} xc {m06-2x} solvation_type {none}

ESMIL Setara untuk perhitungan metanol CCSD (T) / 6-31G *

teori metil alkohol {ccsd (t)} dasar {6-31G *}
kegg = teori D02309 {ccsd (t)} dasar {6-31G *}
cas = 67-56-1 teori {ccsd (t)} dasar {6-31G *}
cid = 887 teori {ccsd (t)} dasar {6-31G *}
csid = 864 teori {ccsd (t)} dasar {6-31G *}
InChI = 1S / CH4O / c1-2 / h2H, teori 1H3 {ccsd (t)} dasar {6-31G *}


Kata kunci yang tersedia dalam dan esmiles string adalah: teori, theory_property, theory_base, basis, basis_property, basis_base, xc, xc_property, xc_base, solvation_type, charge, mult, xyzdata, geometry_generation, dan perhitungan_type.

ESMILES Opsi – teori {}, theory_property {} dan theory_base {}

Teori default yang digunakan adalah teori {dft}. Teori-teori berikut tersedia:

- dft - NWChem Gaussian DFT
- pspw - NWChem Plane-Wave DFT (kondisi batas periodik, Γ point)
- pspw4 - NWChem Plane-Wave DFT (kondisi batas aperiodik)
- paw - NWChem PAW DFT (kondisi batas periodik, Γ point)
- paw4 - NWChem PAW DFT (kondisi batas aperiodik)
- mp2 - Program NWChem MP2
- ccsd (t) - NWChem CCSD (T)
- PM3 - Mopac7 PM3
- am1 - Mopac7 AM1
- mindo - Mopac7 MINDO
- mindo3 - Mopac7 MINDO3

The theory_property {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan teori yang digunakan dalam perhitungan nmr, dan theory_base {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan teori perhitungan dasar untuk perhitungan MP2 atau CCSD (T). Secara default, theory_property dan theory_base didefinisikan sama dengan teori {}.

ESMILES Opsi – basis {}, basis_property {} dan basis_base {}

Basis default yang digunakan adalah 6-311 ++ G (2d, 2p) untuk program Gaussian DFT, MP2 dan CCSD (T). Untuk pesawat-gelombang DFT, basis default atau energi cutoff didefinisikan oleh 50,0 Hartrees atau 100,0 Ry.

Untuk basis Gaussian, set dasar apa pun yang dikenali oleh NWChem dapat digunakan, misalnya

Basis CCO {6-31G *}

Set dasar umum lainnya dapat digunakan seperti cc-pvdz, 6-311G, 3-21G, 6-31 + G *.

Untuk set dasar gelombang pesawat, energi cutoff dapat diubah dengan hanya memasukkan angka dalam Hartrees atau Rydbergs

Teori CCO {pspw] dasar {50.0} 
Teori CCO {pspw} dasar {100 Ry}

Base_property {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan set dasar yang digunakan dalam perhitungan nmr, dan basis_base {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan set dasar perhitungan dasar untuk perhitungan MP2 atau CCSD (T). Secara default basis_properti dan basis_base didefinisikan sama dengan basis {}.

ESMILES Options – xc {}, xc_property {} dan xc_base {}

Hanya program DFT Gaussian dan gelombang pesawat yang menggunakan kata kunci xc {}. Fungsi korelasi pertukaran default yang digunakan adalah xc {b3lyp}. Fungsi korelasi pertukaran berikut tersedia dengan Gaussian DFT dan program DFT gelombang-pesawat.

- lda - perkiraan kepadatan lokal (LDA) SJ Vosko, L. Wilk dan M. Nusair, Can. J. Phys. 58, 1200 (1980)
 
- pbe - Fungsi korelasi koreksi koreksi gradien dari JP Perdew, K. Burke dan M. Ernzerhof, 
                       Phys Pdt. Lett. 77, 3865 (1996); 78, 1396 (1997)
 
- blyp - Fungsi korelasi tukar koreksi gradien AD Becke, Phys. Pendeta A 88, 3098 (1988) dan
                       C. Lee, W. Yang dan RG Parr, Phys. Pendeta B 37, 785 (1988)
 
- b3lyp - fungsi korelasi pertukaran hibrid dari AD Becke, J. Chem. Phys 98, 5648 (1993)  
                       dan C. Lee, W. Yang dan RG Parr, Phys. Pendeta B 37, 785 (1988)
 
- pbe0 - fungsi korelasi pertukaran hybrid C. Adamo dan V.Barone, J. Chem. Phys 110, 6158 (1999)
 
- m06-2x - fungsi korelasi pertukaran meta hibrida Y. Zhao, DG Truhlar, J. Chem. Phys 125, 194101 (2006).
                        Hanya tersedia dalam program Gaussian DFT

Xc_property {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan potensi korelasi pertukaran yang digunakan dalam perhitungan nmr, dan xc_base {} adalah kata kunci opsional yang digunakan untuk menentukan potensi korelasi pertukaran dari perhitungan dasar untuk perhitungan MP2 atau CCSD (T). Secara default xc_property dan xc_base didefinisikan sama dengan xc {}.

ESMILES Options – solvation_type {}

Jenis solvasi default adalah solvation_type {COSMO}. Jenis solvasi berikut tersedia dengan program Gaussian DFT, MP2 dan CCSD (T).

- COSMO - Model solvasi COSMO dari Klampt dan Shuurman
- COSMO-SMD - Model solvasi COSMO Minnesota yang diperluas dari Cramer et al.
- Tidak ada - Perhitungan fase gas, tidak ada model solvasi yang termasuk dalam perhitungan

ESMILES Reaksi – Cara Menghitung Energi Reaksi

Segala sesuatu di dalam blok Arrow diuraikan. Perhatikan bahwa awal blok adalah kata kunci Arrows ::, dan ujung blok dilambangkan dengan kata kunci :: Arrows.

Input dasar adalah reaksi kimia di mana molekul ditentukan menggunakan string senyum atau string esmiles (vida infra), misalnya

Panah ::

reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO: reaksi

:: Panah

Perhatikan bahwa reaksi:: kata kunci reaksi hanya memiliki satu “:”, sedangkan kata kunci Panah menggunakan dua titik dua.

Hasilnya mengandung energi reaksi fase gas dan fase solusi. Level teori default yang digunakan dalam perhitungan ini adalah b3lyp / 6-311 ++ G (2d, 2p) dan model solvasinya adalah COSMO. Email yang dikembalikan akan berisi output berikut.

Reaksi 1: C (Cl) (Cl) (Cl) O + C -> C (Cl) (Cl) Cl + CO  
- contoh 1: 1,00 (Id = 6833) + 1,00 (Id = 11824) -> 1,00 (Id = 6832) + 1,00 (Id = 11215)  
- contoh 1: 1,00 triklorometanol + 1,00 metana -> 1,00 kloroform + 1,00 metanol  
- contoh 1: 1,00 C1Cl3H1O1 + 1,00 C1H4 -> 1,00 C1Cl3H1 + 1,00 C1H4O1  
- contoh 1: 1,00 OC (Cl) (Cl) Teori Cl {dft} basis {6-311 ++ G (2d, 2p)} xc {b3lyp} solvation_type {COSMO} ^ {0} mult {1} nf {? }  
- contoh 1: + 1.00 teori C {{dft} basis {6-311 ++ G (2d, 2p)} xc {b3lyp} solvation_type {COSMO} ^ {0} mult {1} nf {0}  
- instance 1: -> 1,00 C (Cl) (Cl) Cl teori {dft} basis {6-311 ++ G (2d, 2p)} xc {b3lyp} solvation_type {COSMO} ^ {0} mult {1} nf {?}  
- contoh 1: + 1,00 teori CO {dft} basis {6-311 ++ G (2d, 2p)} xc {b3lyp} solvation_type {COSMO} ^ {0} mult {1} nf {0}  
- contoh 1: Erxn (gas) Hrxn (gas) Grxn (gas) Delta_Solvation Grxn (aq)  
- contoh 1: 8.035 9.580 8.809 -1.991 6.818 - dalam kkal / mol  
- contoh 1: 33.618 40.084 36.857 -8.332 28.525 - dalam kj / mol  
- contoh 1: 0,012804 0,015267 0,014038 -0,003173 0,010865 - dalam Hartrees


Keluaran reaksi untuk reaksi kimia mengandung energi reaksi fase gas, entalpi reaksi fase gas, energi bebas reaksi fase gas, perubahan energi solvasi, dan energi larutan reaksi fase bebas. Nilai energi diberikan dalam kcal / mol, kj / mol, dan Hartree. Selain energi, output juga menyediakan beberapa baris informasi tentang perhitungan:

- baris pertama: input reaksi diuraikan
- baris kedua: id panah digunakan untuk senyawa dalam reaksi
- baris ketiga: nama senyawa iupac jika tersedia. Jika tidak tersedia, sistem akan menggunakan senyuman secara default
                        string
- baris keempat: reaksi kimia ditulis menggunakan notasi esmiles.  

Notasi esmiles berisi semua informasi tentang perhitungan senyawa. Dalam contoh ini, teori yang digunakan adalah dft, basisnya 6-311 ++ G (2d, 2p), korelasi pertukaran, tipe solvasinya adalah cosmo. Muatan dan multiplisitas molekul juga diberikan. Nilai dalam tag nf {} berisi jumlah frekuensi imajiner dalam perhitungan getaran untuk molekul.

Berbagai input lain untuk menggambarkan struktur kimia selain senyuman dapat digunakan, termasuk nama umum, iupac, nomor kegg, cas, id pubchem, id chemspider, dan string InChI. Nama-nama umum, string iupac dan InChI dimasukkan sebagai pengganti string tersenyum, dan input kegg, cas, pubchem, dan csid dimasukkan sebagai kegg = nilai, cas = nilai, cid = nilai, csid = nilai di mana nilainya adalah Indo. Jenis input struktur kimia dapat dicampur dan dicocokkan dalam input reaksi. Input reaksi berikut semuanya setara.

Panah ::

reaksi: triklorometanol + metana -> kloroform + metil alkohol: reaksi
reaksi: triklorometanol + C -> kloroform + kegg = D02309: reaksi
reaksi: triklorometanol + C -> kloroform + cas = 67-56-1: reaksi
reaksi: triklorometanol + C -> kloroform + cid = 887: reaksi
reaksi: triklorometanol + C -> kloroform + csid = 864: reaksi
reaksi: triklorometanol + C -> kloroform + InChI = 1S / CH4O / c1-2 / h2H, 1H3: reaksi

:: Panah

Input reaksi dapat berupa molekul tunggal, yaitu

Panah ::

reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O: reaksi

:: Panah

Energi yang dikeluarkan untuk reaksi sepele ini hanyalah energi dari perhitungan struktur elektronik. Untuk menghitung energi atomisasi, input berikut dapat digunakan.

Panah ::

reaksi: C (Cl) (Cl) (Cl) O -> [C] mult {3} + 3 [Cl] mult {2} + [O] mult {3}: reaksi

:: Panah

Fungsi MAP untuk Menambahkan Opsi ke Reaksi

Untuk menghitung energi reaksi menggunakan opsi non-standar format berikut dapat digunakan, misalnya

Panah ::

reaksi: 
Teori triklorometanol {pspw} xc {lda} + teori metana {pspw} xc {lda} 
-> teori kloroform {pspw} xc {lda} + teori alkohol metil {pspw} xc {lda} 
:reaksi

:: Panah

di badan email Arrows, atau hanya satu baris input berikut di kotak entri API Web

 Teori triklorometanol {pspw} xc {lda} + teori metana {pspw} xc {lda}  
 -> teori kloroform {pspw} xc {lda} + teori alkohol metil {pspw} xc {lda}


Memasukkan ESMILES dengan cara ini untuk reaksi adalah membosankan dan rentan terhadap kesalahan ketik. Untuk menyederhanakan jenis input ini, fungsi peta telah ditambahkan ke input reaksi, di mana format untuk fungsi pemetaan adalah menambahkan reaksi dengan simbol tilde, “~”, diikuti oleh opsi esmiles.

triklorometanol + metana -> kloroform + metil alkohol ~ teori {pspw} xc {lda}

Fungsi peta pada dasarnya menambahkan setiap senyawa dalam reaksi oleh string opsi esmiles. Ini adalah cara yang lebih disukai untuk menggunakan fungsi peta. Namun, format alternatif untuk memasukkan fungsi peta juga telah ditambahkan ke reaksi:: blok reaksi. Format blok adalah reaksi [opsi opsi]: reaksi: reaksi.

Panah ::

reaksi [teori {pspw} xc {lda}]: 
triklorometanol + metana -> kloroform + metil alkohol  
:reaksi

:: Panah

Cara Mendefinisikan Struktur Kimia dengan Input XYZ

Blok xyzinput:: xyzinput digunakan untuk memasukkan struktur kimia menggunakan koordinat xyz. Label:: label subblock digunakan untuk memberi label pada struktur xyz sehingga dapat direferensikan dalam reaksi:: reaksi, molekul:: molekul, dan nmr:: blok nmr. Geometri xyz dimasukkan di dalam blok xyzdata:: xyzdata. Koordinat diasumsikan dalam Angstrom. Geometri xyz dapat berisi jumlah atom pada awal input, misalnya

Panah ::

xyzinput:
label: amolecule: label
   xyzdata:
20

C 0.810772 1.260891 0.224768
C -0.445319 0.626551 0.148559
C -0.550132 -0.747571 -0.024182
C 0.598317 -1.510887 -0.051277
C 1.856720 -0.927387 0,081993
C 1.951003 0.440481 0.208335
H 2.736961 -1.550133 0,062422
H 2.912395 0.927722 0.273890
O 1.062201 2.575051 0.296009
C 0.213380 3.557631 -0.323370
H -1.520657 -1.209783 -0.105115
N -1.712300 1.341956 0.351481
N 0.485785 -2.966232 -0.210786
O -0.636770 -3.441145 -0.327238
O 1.526277 -3.613525 -0.218259
O -2.671572 1.004073 -0.327713
O -1.733900 2.198527 1.228109
H 0.882435 4.349335 -0.647148
H -0.510291 3.940088 0.389177
H -0.297779 3.136834 -1.188838
  : xyzdata
: xyzinput

molekul: label = amolekul xc {m06-2x}: molekul

:: Panah

atau bisa ditinggalkan, mis

Panah ::

xyzinput:
label: amolecule: label
   xyzdata:
C 0.810772 1.260891 0.224768
C -0.445319 0.626551 0.148559
C -0.550132 -0.747571 -0.024182
C 0.598317 -1.510887 -0.051277
C 1.856720 -0.927387 0,081993
C 1.951003 0.440481 0.208335
H 2.736961 -1.550133 0,062422
H 2.912395 0.927722 0.273890
O 1.062201 2.575051 0.296009
C 0.213380 3.557631 -0.323370
H -1.520657 -1.209783 -0.105115
N -1.712300 1.341956 0.351481
N 0.485785 -2.966232 -0.210786
O -0.636770 -3.441145 -0.327238
O 1.526277 -3.613525 -0.218259
O -2.671572 1.004073 -0.327713
O -1.733900 2.198527 1.228109
H 0.882435 4.349335 -0.647148
H -0.510291 3.940088 0.389177
H -0.297779 3.136834 -1.188838
  : xyzdata
: xyzinput

molekul: label = amolekul xc {m06-2x}: molekul

:: Panah

Cara Menghitung Spektrum NMR

Blok nmr:: nmr digunakan untuk memberi energi pada perhitungan NMR

Panah ::
nmr: basis c1ccccc1 {6-31G *} solvation_type {Tidak ada}: nmr
:: Panah

Untuk input baris tunggal, esmiles didahului dengan kata-kata “nmr for”, misalnya

nmr untuk basis c1ccccc1 {6-31G *} solvation_type {Tidak ada}

Cara Menghasilkan Tabel Reaksi

Penghitung reaksi:: blok reaksi angka digunakan untuk menghasilkan tabel reaksi dalam format CSV, yang dapat disalin dan ditempelkan ke lembar kerja.

Panah ::

menghitung reaksi:
  tipe energi: grxn (aq) kcal / mol: tipe energi
  tablereactions:
     reaksi: TNT + hidroksida -> TNT-2-OH + nitrit: reaksi
     reaksi: DNAN + hidroksida -> DNAN-2-OH + nitrit: reaksi
  : tablereactions
  metode tablem:
      metode: xc {pbe}: metode
      metode: xc {b3lyp}: metode
      metode: xc {m06-2x}: metode
  : metode tablem
: reactenumerate

:: Panah

Cara Mengambil Output NWChem

Output NWChem dapat diambil menggunakan nwoutput:: nwoutput dan printnwout:: printnwout blok. Input untuk nwoutput:: nwoutput blok adalah string ESMILES, mis

Panah ::
nwoutput: teori TNT {pspw}: nwoutput
:: Panah

Untuk input baris tunggal, esmiles didahului dengan kata-kata “nwoutput for”, misalnya

nwoutput untuk teori aspirin {pspw}


Input untuk printnwout:: printnwout block adalah id Arrows, misalnya

Panah ::
printnwout: 13212: printnwout
:: Panah

Hasilkan Input NWChem

API Web dapat digunakan untuk menghasilkan dek input NWChem. Untuk input baris tunggal, esmiles didahului dengan kata-kata “input deck for”, misalnya

masukan dek untuk aspirin

Cara Mengambil XYZ Geometri

Geometri XYZ dapat diambil menggunakan xyzfile:: xyzfile dan printxyz:: printxyz blok. Input untuk blok xyzfile:: xyzfile adalah string ESMILES, mis

Panah ::
xyzfile: teori TNT {pspw}: xyzfile
:: Panah

Input untuk blok printxyz:: printxyz adalah id Arrows, mis

Panah ::
printxyz: 13212: printxyz
:: Panah

Untuk input baris tunggal, esmiles didahului oleh kata-kata “xyz untuk”, misalnya

xyz untuk teori TNT {pspw}

Referensi:
http://www.nwchem-sw.org/index.php/EMSL_Arrows#

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *