JSDraw – Kerangka Javascript untuk Cheminformatika dan Bioinformatika

JSDraw membawa kemampuan kimia ke halaman web Anda. Dengan libary javascript ini Anda dapat menampilkan dan menggambar struktur kimia di halaman web, yang berfungsi lintas browser, termasuk IE, Firefox, Safari, Opera dan Chrome, platform crose, termasuk Window, Mac, Linux, dan bahkan iPhone, Android, dan perangkat seluler lainnya .

BaruBaruNama untuk StrukturN2SPemilihan KotakKotakPindah ke pusatPusatPindahkan / LihatPindahPenghapusPenghapusMembukaMembukaIkatan tunggalTunggalBenzeneBenzeneHexaneHexanePentanePentaneElemen CKarbonLabel Teks / AtomTeksEmpat persegi panjangEmpat persegi panjangTambah biayaBiayaPanah reaksiReaksiMonomerMonomerTinta - MerahTintaEditor ChemDrawChemDraw
Draw using JSDraw250°CΔSMR(rf=0.86)(rf=0.59)(rf=0.80)JSDraw 6.0OHCOOHOCOOH

Fitur Utama:
( Karena pengaturan keamanan browser, beberapa demo mungkin tidak berfungsi jika memuat dari komputer lokal Anda )

  • Ukuran Editor berbeda
  • Editor struktur kimia yang berfungsi penuh ( demo )
  • Rendering struktur kimia berkualitas tinggi ( demo )
  • Script satu baris untuk menerbitkan file SDF ( Daftar SDF , Kotak SDF )
  • Kontrol tabel struktur kimia yang cerdas, dapat diedit, dan dapat dicari (substruktur, fullstruktur) ( demo )
  • Pencarian substruktur
  • Stereokimia didukung
  • Didukung peta reaksi dan reaksi ( demo )
  • Anotasi didukung
  • Sorot kueri atau perancah
  • Gambar struktur Markush ( demo )
  • Mendukung label / singkatan atom ( demo )
  • Editor Sekuens untuk mengedit dan membuat anotasi sekuens biologis ( demo )
  • Konjugat obat-antibodi ( demo )
  • Oligonucleotide conugate ( demo )
  • Template kustom pengguna ( demo )
  • Draw Shapes ( demo )
  • Draw TLC Plate ( demo )
  • Draw Electrophoresis Gel Plate ( demo )
  • Desainer Alur Kerja ( demo , Baru )
  • Fungsi polimer ditingkatkan ( demo )
  • Peramban sepenuhnya silang, lintas platform
  • Memasukkan file Mol, file Rxn, file SDF
  • Mengekspor file Mol, file Rxn, SMILES, SMARTS ( demo ), Html, Formula, berat Mol
  • Arsitektur plug-in yang dapat disesuaikan ( demo )
  • Tag Atom ( demo )
  • Jenis kolom HTML / Gambar ( demo )
  • Name2structure mengintegrasikan dengan Chemistry Spreadsheet ( demo )
  • Penampil dan Penerbit File SDF ( demo )
  • Skin Kustom ( demo )
  • Multi-Bahasa ( demo )
  • Formulir JSDraw ( demo )
  • Kerangka Kerja Halaman Web JSDraw ( demo )
  • Desainer Formulir JSDraw ( demo )
  • Kurva Assay ( demo )
  • Curve Fitting ( demo )
  • Assay Plate ( demo )
  • Spectrum ( demo )
  • RNA Chains ( demo , Baru )
  • Peptide ( demo , Baru )

Beberapa Tips Menggambar:

  • Alat apa pun dapat menarik ikatan
  • Klik ikatan tunggal untuk menetapkan ikatan ganda
  • Mouse hove bond dan tekan tombol 0-8 untuk mengatur jenis bond
  • Mouse hove atom dan tekan tombol karakter untuk mengatur jenis atom
  • Mouse hove atom, bond, panah atau plus dan tekan tombol DEL untuk menghapus objek
  • Seret objek untuk mengubah posisi
  • Tahan tombol Ctrl dan seret objek yang dipilih untuk menyalinnya
  • Ctrl + C untuk menyalin, Ctrl + X untuk memotong, Ctrl + V untuk menempel, Ctrl + Z untuk membatalkan dan Ctrl + Y untuk mengulang
  • Klik kanan atom / bond / area kosong untuk menu konteks yang berbeda

Contoh 1 (Penampil, menggunakan molurl):

<div class = ' JSDraw ' id = "jsdraw1" style = "lebar: 400px; tinggi: 330px; perbatasan: 1px abu-abu solid"
    dataformat = 'molurl' data = 'mol1.mol.txt' viewonly > </div>

Contoh 2 (Editor, menggunakan molfile):

<div class = ' JSDraw ' id = "jsdraw2" style = "lebar: 500px; tinggi: 300px; perbatasan: 1px abu-abu solid"
    dataformat = 'molfile' data = '
JSDraw

  5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 1 V2000
    2.2994 2.0277 0,0000 O 0 0
    3.2617 0.3611 0.0000 F 0 0
    2.2994 0.9166 0.0000 C 0 0
    1.3372 0.3611 0,0000 N 0 0
    0,3750 0,9166 0,0000 Cl 0 0
  3 1 2
  3 2 1
  4 3 1
  5 4 1
M END '> </ div'>

Contoh 3 (Editor, menggunakan html yang kompatibel dengan JSDraw):

<div class = 'JSDraw' style = 'lebar: 600px; tinggi: 300px;' viewonly>
<ai = 1 e = 'C' p = '10 .192 6.656 '> </a>
<ai = 2 e = 'C' p = '11 .543 5.876 '> </a>
<ai = 3 e = 'C' p = '12 .894 6.656 '> </a>
<ai = 4 e = 'O' p = '11 .543 4.316 '> </a>
<b a1 = 1 a2 = 2 t = 1 r = 'hitam'> </b>
<b a1 = 2 a2 = 3 t = 1 r = 'hitam'> </b>
<b a1 = 2 a2 = 4 t = 2 r = 'hitam'> </b>
</div>

Contoh 4 (Penampil SDF):

<script type = "text / javascript">JSDraw2.Table 
    baru ("sdf4.sdf.txt", {grid: true, cols: 5, lebar: 200, tinggi: 120, dapat dicari: true});
</script>

IE9
Untuk membiarkan IE9 membuat grafik dalam SVG, yang jauh lebih cepat daripada VML tradisional, Anda perlu menyertakan tag meta berikut di bagian <head>:

    <meta http-equiv = "Kompatibel dengan X-UA" content = "IE = edge">

kelas JSDraw2.Mol

  • JSDraw2.Mol disebut JsMol di JSDraw 1.x
  • Constructor
    • new JSDraw2.Mol()
  • Members
    • atoms – an array contains all atoms
    • bonds – an array contains all bonds
  • Methods
    • aamap(target, fullstructure) – Perform atom-by-atom mapping, and return the map if succeeded.  target is a JsMol object; fullstructure to indicate to do a full-structure search.
    • cleanupRxn() – Clean up reaction
    • clear() – Remove all atoms and bonds
    • clone(selectOnly) – Clone a new JsMol object
    • flipX(x)
    • flipY(y)
    • fullstructureMatch(target) – Perform a full-structure search, and return true if succeeded
    • getExactMass()
    • getFormula(html)
    • getHtml()
    • getMolfile()
    • getMolWeight()
    • getRxnfile()
    • getSmiles()
    • isEmpty()
    • moveCenter()
    • scale(factor)
    • setColor(color)
    • setHtml(html)
    • setMolfile(molfile)
    • setRxnfile(rxnfile)
    • substructureMatch(target) – Perform a substructure search. and return true if succeeded

class JSDraw2.Editor

  • JSDraw2.Editor was called JSDraw in JSDraw 1.x
  • Constructor
    • new JSDraw2.Editor(div, [options]) – Convert div element into a structure editor immediately
    • JSDraw2.Editor.init() – Delay the operation to convert all DIV elements with class value as JSDraw into structure editors.  Usually call this method before page onload() event.
  • Parameters/options
    • biology – Set this flag to false to hide seqence button
    • dataformat – data format. It can be molfile, rxnfile, html
    • data – actual data
    • height
    • largeicon – use large toolbar icons for higher resolution
    • ondatachange – datachange event handler
    • plugins – plugins, as an array [{iconurl, tooltips, onclick}, …]
    • popup – Create a viewer, and double-click to show popup editor
    • query – Set this flag to false to disable query atoms (A, R, X, Q, * etc.) in periodic table
    • removeHydrogens – Remove hydrogen atoms before show the structure
    • rxn – Set this flag to false to disable reaction buttons on toolbar
    • scale – A factore to zoom the whole editor, including toolbars. This is useful for iPad applications
    • skin – set this to “w8” to display the editor in JSDraw2 mode; leave this parameter to empty to display editor in classic mode (2.0)
    • sendquery – Set this flag to false to hide PubChem, ChemSpider search button
    • showimplicithydrogens – Set flag to false to hide implicit hydrogens
    • viewonly
    • width
    • buttonshape – circle, or square
    • popupwidth – Popup Editor width
    • popupheight – Popup Editor height
    • inktools – set this flag to false to hide ink tools
    • showfilemenu – set this flag to false to hide file menus
    • highlighterrors – set this flag to false not to highlight errors in reb box
    • showtoolbar – set this flag to false not to show toolbar
  • Members
    • m – A JSDraw2.Mol object
  • Methods
    • cleanupRxn() – Clean up reaction
    • clear() – Remove all atoms, bonds and other objects
    • destory() – For Ajax applications, call this method to release memory.
    • fitToWindow([maxBondlength]) – Scale the structure to fit the window size.
    • getExactmass()
    • getFormula([html])
    • getMolfile()
    • getMolWeight()
    • getRxnfile()
    • getSmiles() – Generate SMILES, including stereochemistry descriptors
    • getHtml([width], [height], [viewonly]) – Generate JSDraw compatible html
    • highlight(query) – Perform a substructure, and highlight the substructure if succeeded
    • moveCenter()
    • readCookie([cookie_name]) – Read the structure previously stored in cookie
    • setHtml(jsdrawHtml) – Set JSDraw compatible html
    • setMolfile(molfile)
    • setRxnfile(rxnfile)
    • sss(target) – Perform substructure search and returns the mapping
    • redo()
    • refresh() – Redraw the structure
    • setSize(width, height)
    • undo()
    • writeCookie([cookie_name]) – Wrote current structure in cookie
  • Events
    • ondatachange(jsdraw)

class JSDraw2.Table

  • JSDraw2.Table was called JsSDF in JSDraw 1.x
  • Constructor
    • new JSDraw2.Table(sdfurl [,options [,div]])
    • JSDraw2.Table.init(sdfurl, options, div)
  • Parameters
    • columns – Define columns, including key, caption, width, type (structure, id, mf, mw, int, mass, volume, integer, real)
    • filter(molfile, attributes) – A function called at loading time to determine if that record can be displayed or not (demo)
    • grid – Set this to true to show structures as grid (demo)
    • highlight – A molfile as the scaffold to be highlighted (demo)
    • molheight – Tinggi sel struktur
    • onCellChanged (sel) – Pengatur acara
    • removeHydrogen – Hapus atom hidrogen sebelum menunjukkan struktur
    • dapat dicari
    • formula pertunjukan
    • kelas pertunjukan
    • spreadsheet – Tetapkan tanda ini ke true untuk menampilkan tombol “define kolom” pada bilah alat
    • hanya melihat
  • Metode
    • clear () – hapus semua baris
    • destory () – Panggil metode ini untuk melepaskan objek JSDraw2.Table ini untuk menghindari kebocoran memori. Ini sangat penting untuk aplikasi Ajax.
    • highlight (scaffold) – scaffold adalah string molfile, objek JsMol, atau objek JSDraw
    • getSdf ()
    • getXml ()
    • masukkan (baris, nilai)
    • getCell (baris, col)
    • setXml (xml)
    • setSdf (sdf)
  • Acara
    • onCellChanged (sel) – acara dipecat ketika pengguna mengubah nilai sel

Lisensi:

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *