Memasang Jmol Secara Online

Ilmu kimia dalam pembelajarannya seringkali membutuhkan metoda yang lebih bersifat eksperimental daripada hanya sekedar pengajaran lisan. Termasuk dalam hal ini adalah pembelajaran ilmu kimia di tingkat sekolah menengah umum. Siswa akan dapat menerima konsep-konsep ilmu kimia dengan lebih benar apabila dapat mengamati langsung fenomena dan gambaran yang sesungguhnya apabila siswa dapat melakukan praktek di laboratorium. Praktek-praktek di laboratorium kimia saat ini akan menghadapi kendala ketersediaan bahan kimia yang relatif mahal. Pada kondisi dewasa ini, tidak semua sekolah tingkat SMU di Indonesia dapat menyediakan fasilitas laboratorium kimia yang memadai untuk keperluan tersebut. Kondisi ini menyebabkan sebagian besar sekolah tidak mampu untuk menyelenggarakan kegiatan praktek di laboratorium kimia secara representatif. Di sisi lain, sebagian besar sekolah-sekolah memiliki fasilitas laboratorium untuk praktek komputer bagi para siswa. Fasilitas komputer yang ada tersebut sebenarnya dapat dimanfaatkan sebagai alternatif untuk keperluan praktek pembelajaran ilmu kimia.

Beberapa konsep ilmu kimia khususnya pada skala molekuler dapat dipelajari dengan menggunakan model molekul (Leach, 1996). Contoh hal ini adalah kajian tentang ukuran atom dan periodisitas, bentuk geometri dari struktur molekul, stereokimia dan lain-lain. Model molekul pada mulanya diajarkan dengan menggunakan model tiga dimensional dengan menggunakan alat peraga berbentuk bola-bola dari bahan plastik atau kayu. Saat ini dengan adanya perkembangan teknologi komputer baik dari segi perangkat keras maupun perangkat lunak memungkinkan untuk pemodelan molekul dengan menggunakan komputer. Beberapa perangkat lunak yang tersedia di pasaran saat ini dapat digunakan untuk keperluan visualisasi model molekul. Beranjak dari kondisi tersebut di atas maka perlu dicoba praktek visualisasi model molekul sebagai alternatif pembelajaran yang diharapkan dapat lebih menarik minat mahasiswa untuk mempelajari ilmu kimia secara lebih intensif. Salah satu software kimia yang dapat dipakai dalam pembelajaran mata kuliah kimia komputasi adalah Jmol. Kode software Jmol ini bersifat terbuka sehingga dapat dikembangkan oleh para pengembang software, termasuk dapat digunakan untuk akses pembelajaran secara online melalui internet, sehingga sangat tepat digunakan dalam pembelajaran elearning ataupun blended learning dimana software dapat diakses secara online.

Ada 2 format penggunaan Jmol, yaitu secara offline dan online. Penggunaan secara offline artinya para pengguna harus mendownload master Jmol dulu melalui link http://sourceforge.net/projects/jmol, lalu memasangknya di komputer, baik berbasis Windows maupun lainnya. Salah satu keunggulan software Jmol adalah kode sumbernya bersifat terbuka, sehingga para pengembang software dapat mengembangkan lebih lanjut, termasuk dapat dikembangkan secara online sehingga pengguna tidak perlu download dan memasang master Jmol di komputer, cukup menggunakan laptop dan akses internet maka pengguna dapat menjalankan Jmol secara online. Hal sangat memudahkan bagi dosen, guru, mahasiswa dan siswa untuk menggunakannya tanpa harus download dan install di laptop.

Untuk memasang Jmol di website sendiri, silahkan ikuti langkah-langkah di bawah ini

Konten dari file index.php dapat dilihat di bawah ini agar bisa memodifikasi atau mengembangkannya lagi.

<html>
	<head>
		<title>JSmol website</title>
        <script type="text/javascript" src="http://vchem3d.univ-tlse3.fr/JSmol.min.js"></script>
        <script type="text/javascript">
        var Info1 = {
        	width: 500,
        	height: 350,
        	debug: false,
         	color: "#ffffff",
        	addSelectionOptions: true,
            j2sPath:'http://jmol.sourceforge.net/jmol/j2s',
            serverURL:'http://jmol.sourceforge.net/jmol/php/jsmol.php',
            use:'html5',
        	disableJ2SLoadMonitor: true,
        	disableInitialConsole: true,
        	allowJavaScript: true,
        	script: 'load $methane; spin on; mo off;  isosurface  delete resolution 0 vdw color range all map MEP colorscheme roygb translucent ',
        }
        </script> 	
        <style>
            body {
              background-image: url("");
              background-repeat: no-repeat;
              background-attachment: fixed;
            }      
        </style>
    <style>
          .floating-menu {
            padding: 5px;;
            width: 130px;
            z-index: 100;
            /*position: fixed; */
            top: 0px;
            left: 0px;
          }
    </style>         
	</head>
	 <body>
	    
	<div align="center">
		    <img src="http://jmol.sourceforge.net/images/Jmol_JSmol_logo.png" width="300">
	</div>

	<div align="center">
           <table border="0">
           <tr valign="center">
              <td nowrap="nowrap" align="center">
                <div id="JmolIsHere1" align="center">
                    <script type="text/javascript">
                        Jmol.getApplet("Jmol1", Info1);
                        Jmol.jmolBr();
                        Jmol.jmolCommandInput(Jmol1, "Console", 23, console, "Console"); 
                    </script>
                </div>
              </td>
            </tr>
        </table> 
        
        <table width="70%" border="0" align="center" cellpadding="10">
            <tr>
                <td  valign="top" width="100%" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.85em" align="center">
                    <script type="text/javascript"> 
                                        //LOAD FILE
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "load ?=1crn","Load PDB");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","if (!xid) { xid = '1BNA'};var x = prompt('Enter a four-digit PDB ID',xid);if (!x) { quit }; xid = x; load @{'=' + x}","Load PDB by ID");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                                            
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "load ?","Load FILE");
                                                                
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "script ?.spt","Load SCRIPT");Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolBr(Jmol1);Jmol.jmolBr(Jmol1);
                                        
                                        //SAVE FILE
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "write FILE ?","Save FILE");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "write STATE ?.spt","Save STATE");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "write IMAGE ?.jpg","Save JPG"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "write IMAGE ?.png","Save PNG"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");                
                                    </script>
                </td>
            </tr>    
   
            <tr>
                                <td  width="100%" valign="top" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.85em" align="center">
                                    <script type="text/javascript">
                                        Jmol.jmolHtml("<b>3D DISPLAY</b>");
                                        Jmol.jmolBr();Jmol.jmolBr();
                                        Jmol.jmolMenu("Jmol1", [
                                            ["Background Colors", null, "selected"],
                                           "background skyblue",
                                           "background black", 
                                           "background yellow",
                                           "background salmon",
                                           "background palegreen",
                                           "background white",
                                           "background grey",
                                           "background pink",
                                           "background lightblue",
                                           "background lightgreen"]);           Jmol.jmolHtml("&nbsp;");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "select all; rotate x -45;delay 1;minimize","Minimize");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "set modelkitmode;set picking dragMinimize","Drag-minimize");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "!quit;set modelkitmode false;set picking ident;","Off");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");                                        
                                        Jmol.jmolHtml("<br/>");Jmol.jmolHtml("<br/>");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "color cpk", "Color cpk");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "color group","Group");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "color temperature","Temperature");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "calculate straightness;color straightness","Straight");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1", "color structure", "Structure");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolBr();Jmol.jmolBr();
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","select *;isosurface vdw","Isosurface VDW");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","if ({atomno < 10}.partialcharge == 0){calculate partialcharge};isosurface vdw map mep","Mep");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","isosurface translucent","Translucent");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","isosurface opaque","Opaque");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","isosurface delete","Off");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolBr();Jmol.jmolBr();
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","set platformSpeed 2","Ellipsoids");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","set cartoonFancy true", "Fancy");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","set cartoonFancy false", "Not Fancy");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton("Jmol1","set cartoonFancy false; set hermitelevel 0", "Flat");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolBr(); Jmol.jmolBr(Jmol1);                        
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"select *; isosurface ignore(solvent) sasurface 1.2; isosurface translucent", "Accessible Surface");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"select *; isosurface solvent 1.2; isosurface translucent", "Excluded Surface");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"isosurface delete;", "No Isosurface");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolBr(); Jmol.jmolBr(Jmol1);
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"select *; isosurface cavity 1.2 10; isosurface translucent", "Cavity");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"set display off; hide null; set defaultColors Jmol; select hydrophobic; color red; color cartoon red; select not hydrophobic ; color blue ; color cartoon blue;  set display off; select ligand;wireframe 0.16;spacefill 0.5; color cpk ; select all; hide solvent;","Hydrophobicity");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"set display off; hide null; set defaultColors Jmol; select all; hide solvent; color chain; color cartoon chain;select ligand;wireframe 0.16;spacefill 0.5; color cpk ; select all;  ","Chain"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1, calcscript + styleYellow,"R/S"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1, calcscript + "set labelfor {chirality != ''} \"%[chirality](%[cipRule])\"","CIP Rule"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");

                                        Jmol.jmolBr(); Jmol.jmolBr(Jmol1);
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"mo off;  isosurface delete resolution 0 vdw color range all map MEP colorscheme roygb translucent","Electrostatic Potential on");
                                        Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"isosurface off","Electrostatic Potential off");  
                                        Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1, "select *;invertselected plane xy;" + calcscript,"Invert Chirality")
                                        Jmol.jmolBr(Jmol1);  Jmol.jmolBr(Jmol1);                        
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"label %3.2P;font label 16 Bold; color label yellow","Show Partial Charges");
                                        Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"label off","Hide Partial Charges");


                                        Jmol.jmolBr(Jmol1);  Jmol.jmolBr(Jmol1);  
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"dipole molecular width 0.1;dipole molecular; color dipole translucent red;dipole on","Molecular Dipole Moment");
                                        Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"dipole bonds width 0.05 ;color dipole gold;dipole on","Bond Dipole Moments");
                                        Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"dipole off;dipole bonds delete;","Hide");Jmol.jmolHtml('&nbsp;');
                                        Jmol.jmolBr(Jmol1); Jmol.jmolBr(Jmol1);
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1,"set display off; hide null; set defaultColors Jmol; select all; hide solvent;color structure; color cartoon structure; select ligand;wireframe 0.16;spacefill 0.5; color cpk ; select all; ","Secondary Structure");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");   
                                        Jmol.jmolButton(Jmol1," set display off; restrict ligand; cartoon off; wireframe on;  display selected; select *.FE; spacefill 0.7; color cpk ; select *.CU; spacefill 0.7; color cpk ; select *.ZN; spacefill 0.7; color cpk ; select all; ", "Ligands");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");

                                    </script>   
                                </td>
                            </tr>
                            <tr>
                                <td  valign="top" width="100%" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.8em" align="center">     
                                    <script type="text/javascript">
                                        Jmol.jmolRadioGroup("Jmol1", [
                                            ["spacefill on; wireframe 0.2", "Ball"],
                                            ["spacefill 50% spacefill on; wireframe 0.4", "Spacefill 50%", ""], 
                                            ["spacefill 20% spacefill on; wireframe 0.1", "Ball-Stick","isChecked"], 
                                            ["spacefill off; wireframe 0.2", "Stick"], 
                                            ["spacefill off; wireframe", "Wireframe"],
                                            ["meshribbon 2.5", "MeshRibbon-2.5"],
                                            ["backbone only","Backbone"],
                                            ["ribbon;","Ribbon"],
                                            
                                            ["spacefill off; dots", "Dots"],
                                            ["trace only","Trace"],
                                            ["cartoon only","Cartoon"],
                                           // ["if (!qd);quaternion difference draw;qd=true;else;draw off;qd=false;endif","Quatern diff"],
                                            ["set frank off; select all; hbonds off;select all; spin off; wireframe off; spacefill off; trace off; set ambient 40; set specpower 40; slab off; ribbons off; cartoons off; label off; monitor off; rotate x 25; rotate z -15; select all; strands","Strands"],
                                            ["set frank off; select all; hbonds off;select all; spin off; wireframe off; spacefill off; trace off; set ambient 40; set specpower 40; slab off; ribbons off; cartoons off; label off; monitor off; rotate x 25; rotate z -15; select all; spacefill; set ambient 40; set specpower 90","Ambient"],
                                        ]);
                                    </script>        
                              </td>
                            </tr>

                            <tr>
                                <td  valign="top" width="100%" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.8em" align="center">
                                    
                                    <script type="text/javascript">
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "label %e %C;", "label off;", " Element symbole", "");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select *; wireframe", "select *; wireframe off", "wireframe bonds", true);Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select all; set pdbAddHydrogens; minimize; calculate hbonds; hbonds 2.0; background black; hbonds on", "background white; hbonds off", "H bonds 1", "");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        //Jmol.jmolButton(Jmol1,"hide null ; select all ; set pdbAddHydrogens ; hide solvent or _H ; select remove solvent ;  calculate hydrogen selected; select all ; hide solvent ; select remove solvent ;calculate hbonds ; hide solvent ; hbonds 0.1 ;", "H bonds 2");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "hide null ; select all ; set pdbAddHydrogens ; hide solvent or _H ; select remove solvent ;  calculate hydrogen selected; select all ; hide solvent ; select remove solvent ;calculate hbonds ; hide solvent ; hbonds 0.1 ; background black; hbonds on", "background white; hbonds off", "H bonds 2", "");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolBr();
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "display all", "hide all", "  Show Molecule", "ischecked");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "background black; dots on; dots VANDERWAALS","background white; dots off","Dots Van der Waals","");

                        	            Jmol.jmolHtml("<hr>");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select silicon; cpk on", "select silicon; cpk off", "Silicon");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select phosphorus; cpk on", "select phosphorus; cpk off", "Phosphorus");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select oxygen; cpk on", "select oxygen; cpk off", "Oxygen");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select carbon; cpk on", "select carbon; cpk off", "Carbon");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select boron; cpk on", "select boron; cpk off", "Boron"); Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select bromine; cpk on", "select bromine; cpk off", "Bromine");
                            			Jmol.jmolBr();
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select nitrogen; cpk on", "select nitrogen; cpk off", "Nitrogen");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select sulfur; cpk on", "select sulfur; cpk off", "Sulfur");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select hydrogen; cpk on", "select hydrogen; cpk off", "Hydrogen");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select fluorine; cpk on", "select fluorine; cpk off", "Fluorine");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select chlorine; cpk on", "select chlorine; cpk off", "Chlorine");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                            			Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, 'if (_fileType == [Pdb]){select *.CA;label %n%r}else{select *;label %a};select *; ', "select *; labels off", "All");
                            			Jmol.jmolHtml("<hr>");
                        	        </script>
                                    
                                    <script type="text/javascript">
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1,  "spin on", "spin off",  "Spin","");	 Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "select *; minimize; vibration 0.5; vibration on;", "vibration off", " Vibration", "");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox("Jmol1", "vector on; vector 5;", "vector off", "Vectors");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox("Jmol1", "stereo REDCYAN", "stereo off", "Stereo");Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, "reset; moveto 0 1 0 0 90; zoom 150", "reset; zoom 150", "View along symmetry axis"); Jmol.jmolHtml("<br/>");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, 'background white; set frank off; select all; hbonds off;select all; spin off; wireframe off; spacefill off; trace off; color cpk; set ambient 40; set specpower 40; slab off; ribbons off; cartoons off; label off; monitor off; rotate z 40; rotate x 45; select all; wireframe 0.15; spacefill 0.45; color cpk; set echo bottom center; echo starting orientation; color echo black; delay 2; echo; rotate x 90; set echo bottom center; echo 90 degree rotation around X axis; color echo black; ', "rotate off", " Rotate x 90");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolCheckbox(Jmol1, 'background white; set frank off; select all; hbonds off;select all; spin on; spacefill 20%; wireframe 0.1;  trace off; set ambient 40; set specpower 40; slab off; ribbons off; cartoons off; label off; monitor off; rotate x 25; rotate z -15; select all; color turquoise; cartoons;  color cpk; mo off;  isosurface delete resolution 0 vdw color range all map MEP colorscheme roygb translucent; move 90 0 0 0 0 0 0 0 3; delay 1; move -90 0 0 0 0 0 0 0 3; ', "rotate off", " Animation");
                                        Jmol.jmolHtml("&nbsp;");
                                        Jmol.jmolHtml("<hr>");
                                    </script>      
                                </td>
                            </tr>
                        </table> 
            </div>            
        </p>        
    </div>
        
    <table width="70%" border="0" align="center" cellpadding="10">
        <tr>
            <td  valign="top" width="100%" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.85em" align="center">    
                <p align="justify"  style="padding:20px;">
                Jmol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur kimia dalam 3-dimensi.[2] Jmol menampilkan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran,[3] atau untuk penelitian seperti, dalam kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux, serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi 2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan Taverna.
                <br/><br/>
                Fitur yang populer adalah applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web untuk menampilkan molekul dalam berbagai cara. Misalnya, molekul dapat ditampilkan sebagai model bola-dan-pasak, model ruang terisi, diagram pita, dan lain sebagainya.[4] Jmol mendukung berbagaii format berkas kimia, termasuk Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), dan Chemical Markup Language (CML). Terdapat pula versi hanya-JavaScript (HTML5), JSmol, yang dapat digunakan pada komputer yang tidak memiliki Java.[5]    
                <br/><br/> 
                Applet Jmol, disamping kemampuan lainnya, menyediakan alternatif bagi plug-in Chime,[3] yang tidak lagi dikembangkan. Sementara Jmol memiliki banyak fitur yang tidak dimiliki Chime, perangkat lunak ini tidak mengklaim untuk mereproduksi semua fungsi Chime, terutama, mode Sculpt. Chime membutuhkan instalasi plug-in dan Internet Explorer 6.0 atau Firefox 2.0 pada Microsoft Windows, atau Netscape Communicator 4.8 pada Mac OS 9. Jmol membutuhkan instalasi Java dan beroperasi pada berbagai platform. Misalnya, Jmol berfungsi penuh di Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, dan Safari.
                <br/><br/>    
                JSmol adalah objek yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Itu tidak memerlukan Java, karena hanya menggunakan HTML5 browser dan mesin JavaScript. JSmol adalah modalitas HTML5 dari Jmol, yang dapat disematkan ke halaman web. Semua fungsi Jmol (sebagai aplikasi mandiri) juga ada di JSmol. JSmol adalah objek browser web interaktif.
                </p>
                </td>
            </tr>
        </table>                
    <table width="70%" border="0" align="center" cellpadding="10">
        <tr>
            <td  valign="top" width="100%" style="padding: 1em;  !important; font-size: 0.85em" align="left">                 
                <p align="left"  style="padding:20px;">
                <b>Fitur Jmol</b>
                <ul>
                <li>Perangkat lunak sumber terbuka gratis yang dilisensikan di bawah&nbsp;<a href="http://jmol.sourceforge.net/www.gnu.org/licenses/licenses.html#LGPL">Lisensi Publik Umum GNU</a></li>
                <li>Objek HTML5, aplikasi, dan komponen integrasi sistem
                <ul>
                <li><strong>JSmol</strong>&nbsp;adalah objek browser web yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web.&nbsp;Ini sangat ideal untuk pengembangan courseware berbasis web dan database kimia yang dapat diakses web.&nbsp;.</li>
                <li>The&nbsp;<strong>aplikasi amol</strong>&nbsp;adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop.</li>
                <li>The&nbsp;<strong>JmolViewer</strong>&nbsp;dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya.</li>
                </ul>
                </li>
                <li>Banyak bahasa
                <ul>
                <li>Diterjemahkan ke dalam berbagai bahasa: Basque (eu), Portugis Brasil (pt_BR), Catalan (ca), Cina (keduanya zh_CN dan zh_TW), Czech (cs), Denmark (da), Belanda (nl), Finlandia (fi), Prancis (fr), Jerman (de), Hongaria (hu), Indonesia (id), Italia (itu), Jepang (jp), Korea (ko), Melayu (ms), Rusia (ru), Spanyol (es), Swedia (sv), Turki (tr), Ukraina (uk), selain bahasa Inggris Amerika asli (en-US) dan Inggris Inggris (en-GB).</li>
                <li>Secara otomatis mengadopsi bahasa sistem operasi pengguna, jika itu adalah salah satu terjemahan yang tersedia.&nbsp;Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.</li>
                <li>Untuk detail atau instruksi terbaru untuk menambahkan bahasa Anda, lihat&nbsp;<a href="http://wiki.jmol.org:81/index.php/Internationalisation">Wiki</a>&nbsp;.</li>
                </ul>
                </li>
                <li>Lintas-platform
                <ul>
                <li>Windows</li>
                <li>Mac OS X</li>
                <li>Linux / Unix</li>
                </ul>
                </li>
                <li>Mendukung semua browser web utama: Firefox, Safari, Chrome, Opera, Edge ...</li>
                <li>Rendering 3D kinerja tinggi tanpa persyaratan perangkat keras</li>
                <li>Banyak format file yang didukung&nbsp;<br /><em>File yang dikompresi dengan gzip akan secara otomatis didekompresi.</em><br />Lihat juga bagian&nbsp;<a href="http://wiki.jmol.org/index.php/File_formats">format file</a>&nbsp;dalam Jmol Wiki.
                
                <table>
                <tr>
                <td><br/><a href="http://www.symyx.com/solutions/white_papers/ctfile_formats.jsp">MOL</a></td>
                <td>Struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi klasik V2000)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.symyx.com/solutions/white_papers/ctfile_formats.jsp">V3000</a></td>
                <td>Struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi baru V3000)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.symyx.com/solutions/white_papers/ctfile_formats.jsp">SDF</a></td>
                <td>Struktur MDL / Elsevier / Symyx (beberapa model)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.symyx.com/solutions/white_papers/ctfile_formats.jsp">CTFile</a></td>
                <td>Tabel kimia MDL / Elsevier / Symyx (generik)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://journals.iucr.org/c/services/cifguide.html">CIF</a></td>
                <td>File Informasi Kristalografi - standar dari International Union of Crystallography</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://journals.iucr.org/c/services/cifguide.html">mmCIF</a></td>
                <td>File Informasi Kristalografi Macromolecular - standar dari International Union of Crystallography</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.xml-cml.org/">CML</a></td>
                <td>Bahasa Markup Kimia</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.wwpdb.org/docs.html">PDB</a></td>
                <td>Protein Data Bank - Kolaborasi Penelitian untuk Bioinformatika Struktural</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>XYZ</td>
                <td>Format XYZ, file XMol - Institut Supercomputer Minnesota</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>XYZ + vib</td>
                <td>Format XYZ dengan menambahkan informasi vektor getaran</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>XYZ-FAH</td>
                <td>Format XYZ untuk Lipat @ home</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.tripos.com/data/support/mol2.pdf">MOL2</a></td>
                <td>Sybyl, Tripos</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>Alkimia</td>
                <td>Tripos</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>CSF</td>
                <td>Fujitsu CAC, struktur kimianya, sekarang Fujitsu Sygress</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html">GAMES</a></td>
                <td>Output Sistem Struktur Atom Atom dan Molekuler Umum (varian AS dan Inggris) - Gordon Research Group, Iowa State University</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.gaussian.com/">Gaussian</a></td>
                <td>Output Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>kubus</td>
                <td>Gaussian, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.bioinformatics.org/ghemical/">Bersifat kimia</a></td>
                <td>Paket kimia komputasi Ghimia</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.uku.fi/~thassine/ghemical/">MM1GP</a></td>
                <td>File mekanika molekul molekuler</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.hyper.com/">HIN</a></td>
                <td>File HIN / HIV dari HyperChem - Hypercube, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.schrodinger.com/ProductDescription.php&amp;mID=6&amp;sID=9&amp;cID=0">Jaguar</a></td>
                <td>Schrodinger, LLC</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.molpro.net/">MOLPRO</a></td>
                <td>Output molpro</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://openmopac.net/">MOPAC</a></td>
                <td>Output MOPAC 93/97/2002 (domain publik)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>MGF</td>
                <td>MOPAC 2007 (v.7.101) output graphf (domain publik)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/nwchem.html">NWCHEM</a></td>
                <td>Output NWChem - Laboratorium Nasional Barat Laut Pasifik</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.wavefun.com/products/odyssey/odyssey.html">odydata</a></td>
                <td>Data Odyssey - WaveFunction, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.wavefun.com/products/odyssey/odyssey.html">xodydata</a></td>
                <td>Data XML Odyssey - WaveFunction, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.q-chem.com/">QOUT</a></td>
                <td>Q-Chem, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/">SHELX</a></td>
                <td>Departemen Kimia Struktural, Universitas G&ouml;ttingen (Jerman)</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.wavefun.com/">SMOL</a></td>
                <td>Data Spartan - Wavefunction, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>spinput</td>
                <td>Data Spartan - Wavefunction, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://manual.gromacs.org/current/online/gro.html">GRO</a></td>
                <td>Format Gromos87 dari GROMACS</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.poissonboltzmann.org/file-formats/biomolecular-structurw/pqr">PQR</a></td>
                <td>Format pdb yang dimodifikasi termasuk biaya dan radius</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://ambermd.org/">Amber</a></td>
                <td>Paket Amber dari program simulasi molekuler</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.molinspiration.com/jme/">JME</a></td>
                <td>Editor Molekuler Java - Peter Ertl</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.castep.org/">CASTEP</a></td>
                <td>Paket perangkat lunak CASTEP, menggunakan teori fungsional kerapatan</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.fhi-berlin.mpg.de/aims/">Tujuan FHI</a></td>
                <td>Teori struktur elektronik penuh-potensial / semua-elektron dengan orbital lokal - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/">VASP</a></td>
                <td>Paket simulasi ab-initio VASP / VAMP / Wina</td>
                </tr>
                <tr>
                <td>DGrid</td>
                <td>Miroslav Kohout, Max-Planck Institute</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.scm.com/">ADF</a></td>
                <td>Output ADF - Amsterdam Density Functional</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://accelrys.com/products/materials-studio/">XSD</a></td>
                <td>Studio Bahan Accelrys</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.arguslab.com/">AGL</a></td>
                <td>ArgusLab</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.wien2k.at/">DFT</a></td>
                <td>Wien2k</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.semichem.com/ampac/">AMPAC</a></td>
                <td>Output AMPAC - Semichem, Inc.</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.webmo.net/">WebMO</a></td>
                <td>Antarmuka WebMO untuk paket kimia komputasi</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden_format.html">Molden</a></td>
                <td>Kerapatan elektron / orbital molekul</td>
                </tr>
                <tr>
                <td><a href="http://www.psicode.org/">PSI3</a></td>
                <td>Output file dari paket PSI3 program kimia kuantum</td>
                </tr>
                </table>
                </li>
                <br/>
                <li>Animasi</li>
                <li>Getaran</li>
                <li>Permukaan</li>
                <li>Orbit</li>
                <li>Dukungan untuk unit sel dan operasi simetri</li>
                <li>Bentuk skematis untuk struktur sekunder dalam biomolekul</li>
                <li>Pengukuran
                <ul>
                <li>jarak</li>
                <li>sudut</li>
                <li>sudut torsi</li>
                </ul>
                </li>
                <li>Dukungan untuk bahasa scripting RasMol / Chime</li>
                <li>Perpustakaan dukungan JavaScript (&nbsp;<a href="http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_JavaScript_Object">JSmol.min.js</a>&nbsp;)</li>
                <li>Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, stl, idtf, halaman web.</li>
                <li>Untuk lebih jelasnya, lihat&nbsp;<a href="http://jmol.sourceforge.net/history/#history_changes">sejarah</a>&nbsp;pembangunan.</li>
                </ul>
            </p>

            <p align="left"  style="padding:20px;">
                <b>Referensi:</b><br/>
            ^ <a href="https://translations.launchpad.net/jmol" target="_blank">Jmol translations</a><br/>
            ^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools (dalam bahasa Inggris), hlm. 471, ISBN 978-1-84800-900-4<br/>
            ^ a b Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education (dalam bahasa Inggris), 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644<br/>
            ^ Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, hlm. 21, ISBN 978-1-84799-259-8<br/>
            ^ "<a href="http://wiki.jmol.org/index.php/JSmol">JSmol</a>" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2 November 2015.<br/>
            ^ "<a href="http://jmol.sourceforge.net/">JSmol Sourceforge.net</a>"
            </p>
                </td>
            </tr>
        </table> 
	</body>
</html>

Penjelasan file index.php terutama bagian pada script awal,

        <script type="text/javascript">
        var Info1 = {
        	width: 500,
        	height: 350,
        	debug: false,
         	color: "#ffffff",
        	addSelectionOptions: true,
            j2sPath:'http://jmol.sourceforge.net/jmol/j2s',
            serverURL:'http://jmol.sourceforge.net/jmol/php/jsmol.php',
            use:'html5',
        	disableJ2SLoadMonitor: true,
        	disableInitialConsole: true,
        	allowJavaScript: true,
        	script: 'load $methane; spin on; mo off;  isosurface  delete resolution 0 vdw color range all map MEP colorscheme roygb translucent ',
        }
        </script> 

Anda bisa atur width, height, color dan lainnya.

Lihat juga pada nomor baris 18 pada script berikut:

“script: ‘load $methane; spin on; mo off; isosurface delete resolution 0 vdw color range all map MEP colorscheme roygb translucent ‘,”

berupa script untuk memanggil struktur molekul dengan nama methane, silahkan ganti dengan nama molekul yang standar lainnya menurut IUPAC.

Modifikasi lainnya dapat dilakukan dengan menggunakan referensi pada link berikut: https://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/

Selamat berkreasi! Hal yang mudah sekalipun tetep butuh usahe!

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *