Jmol: Editor dan Viewer Struktur Molekul Kimia

 

Untuk eksplorasi program baru silahkan akses ke http://blogchem.com/jmol/

Jmol adalah penampil Java open-source untuk struktur kimia tiga dimensi dengan fitur untuk bahan kimia, kristal, bahan dan biomolekul.

 

Jmol mengembalikan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran, atau untuk penelitian misalnya dalam kimia dan biokimia.

 

Perangkat lunak ini untuk siswa, pendidik, dan peneliti di bidang kimia, biokimia, fisika, dan ilmu material.

 

Fitur Jmol:

 

  • Komponen Integrasi Applet, Aplikasi, dan Sistem:
    • JmolApplet adalah applet browser web yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan courseware berbasis web dan database kimia yang dapat diakses web. JmolApplet menyediakan jalur peningkatan untuk pengguna plug-in Chime.
    • Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java mandiri yang berjalan di desktop.
    • JmolViewer dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya.
  • Rendering 3D kinerja tinggi tanpa persyaratan perangkat keras.
  • Mendukung berbagai format file molekuler:
    • MOD – MDL / Elsevier / struktur Symyx (versi klasik V2000).
    • V3000 – struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi baru V3000).
    • Struktur SDF – MDL / Elsevier / Symyx (beberapa model).
    • CTFile – MDL / Elsevier / tabel kimia Symyx (generik).
    • CIF – File Informasi Kristalografi – standar dari International Union of Crystallography.
    • mmCIF – File Informasi Kristalografi Macromolecular – standar dari International Union of Crystallography.
    • CML – Bahasa Markup Kimia.
    • PDB – Bank Data Protein – Kolaborasi Penelitian untuk Bioinformatika Struktural.
    • XYZ – format XYZ, file XMol – Minnesota Supercomputer Institute.
    • XYZ + vib – Format XYZ dengan tambahan informasi vektor getaran.
    • XYZ-FAH – format XYZ untuk Lipat @ home.
    • MOL2 – Sybyl, Tripos.
    • Alkimia – Tripos.
    • CSF – Fujitsu CAC, struktur kimia, sekarang Fujitsu Sygress.
    • GAMES – Umum Atom dan Molekul Sistem Output Struktur Elektronik (baik varian AS dan Inggris) – Gordon Research Group, Iowa State University.
    • Gaussian – Gaussian 94/98/03 output – Gaussian, Inc.
    • Cube – Gaussian, Inc.
    • Ghemical – Paket kimia komputasi Ghimia.
    • MM1GP – File mekanika molekul yang bersifat kimiawi.
    • File HIN – IN / HIV dari HyperChem – Hypercube, Inc.
    • Jaguar – Schrodinger, LLC.
    • MOLPRO – Output Molpro.
    • Output MOPAC – MOPAC 93/97/2002 (domain publik).
    • MGF – MOPAC 2007 (v.7.101) output graphf (domain publik).
    • NWCHEM – Output NWChem – Laboratorium Nasional Barat Laut Pasifik.
    • odydata – Data Odyssey – WaveFunction, Inc.
    • xodydata – Odyssey data XML – WaveFunction, Inc.
    • QOUT – Q-Chem, Inc.
    • SHELX – Departemen Kimia Struktural, Universitas Göttingen (Jerman).
    • SMOL – data Spartan – Wavefunction, Inc.
    • spinput – Data Spartan – Wavefunction, Inc.
    • Format GRO – Gromos87 dari GROMACS.
    • PQR – Format pdb yang dimodifikasi termasuk biaya dan radius.
    • Kuning – Paket Amber dari program simulasi molekuler.
    • JME – Editor Molekuler Java – Peter Ertl.
    • CASTEP – Paket perangkat lunak CASTEP, menggunakan teori fungsional kerapatan.
    • FHI-bertujuan – Teori struktur elektronik penuh potensi / semua elektron dengan orbital lokal – Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft.
    • Paket simulasi VASP – VASP / VAMP / Vienna ab-initio.
    • DGrid – Miroslav Kohout, Max-Planck Institute.
    • ADF – output ADF – Amsterdam Density Functional.
    • XSD – Accelrys Material Studio.
    • AGL – ArgusLab.
    • DFT – Wien2k.
    • AMPAC – Output AMPAC – Semichem, Inc.
    • WebMO – Antarmuka WebMO untuk paket kimia komputasi.
    • Molden – Kerapatan elektron / orbital molekul.
    • PSI3 – Output file dari paket PSI3 program kimia kuantum.
    • CRYSTAL – Keluaran file dari CRYSTAL, alat komputasi untuk kimia dan fisika keadaan padat. Grup Kimia Teoritis, Univ. Torino, Italia.
  • Animasi.
  • Getaran.
  • Permukaan.
  • Orbit.
  • Dukungan untuk unit sel dan operasi simetri.
  • Bentuk skematis untuk struktur sekunder dalam biomolekul.
  • Pengukuran:
    • Jarak.
    • Sudut.
    • Sudut puntir.
  • Dukungan untuk bahasa scripting RasMol / Chime.
  • Pustaka dukungan JavaScript (Jmol.js).
  • Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, idtf, halaman web.
  • Sepenuhnya internasional – Multi-bahasa:
    • Diterjemahkan ke dalam banyak bahasa: Catalan (ca), Cina (baik zh_CN dan zh_TW) Ceko (cs), Belanda (nl), Prancis (fr), Jerman (de), Hongaria (hu), Italia (it), Korea (ko) ), Portugis – Brasil (pt_BR), Spanyol (es), Turki (tr), (selain bahasa Inggris Amerika asli, en-AS, dan Inggris Inggris, en-GB).
    • Secara otomatis mengadopsi bahasa sistem operasi pengguna, jika itu adalah salah satu terjemahan yang tersedia.

 

Situs web: jmol.sourceforge.net
Aplikasi: http://blogchem.com/jmol/
Lisensi Tim Pengembangan Jmol : GNU LGPL

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *