>> Viewed 12 times

Menjalankan NWChem dan Psi4 Menggunakan Gabedit

      No Comments on Menjalankan NWChem dan Psi4 Menggunakan Gabedit

Dalam linux, apabila kita install NWChem dan Psi4 maka hanya akan berjalan di terminal, baik ketika instalasi maupun ketika menjalankannya. Sebagian orang kurang suka/terbiasa bekerja di terminal karena mesti menghafal “command” dan aturan tulis lainnya, akhirnya tidak mau menggunakan software yang running di terminal, seperti Abinit, NWChem dan Psi4.

Ada satu aplikasi yang bisa digunakan untuk menjalankan software itu secara visual yaitu Gabedit (http://gabedit.sourceforge.net). Gabedit adalah buatan Abdul Rahman Allouche (A.R. ALLOUCHE, Gabedit – A graphical user interface for computational chemistry softwares, Journal of Computational Chemistry, 32, 174-182(2011)) yang merupakan graphical User Interface untuk software FireFly, GAMESS-US, Gaussian, Molcas, Molpro, OpenMopac, Orca, MPQC, NWChem, Psicode (Psi3, Psi4), Q-Chem dan paket kimia komputasi under terminal.

Langkah-langkahnya sebagai berikut:

  1. Install Gabedit, diterminal Ubuntu ketik: sudo apt-get install gabedit,
  2. Install Avogadro yang akan digunakan untuk menyiapkan file input NWChem dan Psicode. Ketik di terminal: sudo apt-get install avogadro. Manual Avogadro bisa dibaca di http://manual.avogadro.cc/content/index.html
  3. Install NWChem dan Psi4. Ketik di terminal: sudo apt-get install nwchem psi4
  4. Jalankan Avogadro untuk membuat file input, gambar molekulnya, lakukan dulu AutoOptimization, lalu simpan.
    avogadro
  5. Klik menu Extensions, pilih NWChem,  isi NWChem Input untuk menyiapkan file input, lalu klik button Generate… untuk menyimpan molekul yang ada di layar editor Avogadro dengan ekstensi .nw, yaitu file input NWChem,
    inputnwchem
  6. Klik menu Extensions, pilih PSI4,  isi PSI4 Input untuk menyiapkan file input, lalu klik button Generate… untuk menyimpan molekul yang ada di layar editor Avogadro dengan ekstensi .in, yaitu file input NWChem. Lakukan ulang klik button Generate…, tapi kali ini dengan ekstensi .psi, file input PSI4 yang dikenali oleh Gabedit.
    inputpsi4
  7. Sebaiknya file input NWChem dan PSI4 disimpan dalam folder yang terpisah, nanti hitungannya akan menggunakan folder aktif yang berbeda sehingga file outputnya jelas.
  8. Kita mulai menggunakan Gabedit dari menu launcher > Chemistry (Education) > Gabedit atau gunakan terminal, ketik: gabedit,
    menulauncher
  9. Selanjutnya muncul tampilan awal Gabedit
    gabedit1
  10. Pilih menu File > Open > masuk ke folder penyimpanan file input NWChem, lalu klik button Open, sehingga data file input akan muncul di ruang editor Gabedit,
  11. Pilih menu Run > Run a Computation Chemistry program > Pilih NWChem, atur Local Folder, Save data in file, Command to execute: pilih command nwchem atau nohup nwchem atau submit NWChem 1:0:0 > OK,
  12. Tunggu sampai running selesai,
  13. Setelah selesai pilih tab butana.out, file hasil running, lihat hasilnya
    outputnwchem
  14. Pada bagian sebelah kanan ada menu Local, pilih Update, Go to end, Update/end, Geom. Conv., Dens. Orb.
  15. Misal pilih Geom. Conv. (Geometry Convergence) maka muncul muncul data Energy dan Gradient Max.
    geomconv
  16. Klik button Draw maka akan muncul bentuk geometri 3 dimensi hasil running.
    drawgeometry
  17. Untuk menjalankan PSI4, Gaussian, MPQC, GAMESS dan lain-lainnya analog dengan langkah 10 sampai dengan langkah 16.
  18. Silahkan bereksplorasi dalam software kimia komputasi Gabedit dan Avogadro ini.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *