Jmol adalah perangkat lunak komputer bagi pemodelan molekul struktur kimia dalam 3-dimensi.[2] Jmol menampilkan representasi 3D dari molekul yang dapat digunakan sebagai alat pengajaran,[3] atau untuk penelitian seperti, dalam kimia dan biokimia. Perangkat lunak ini ditulis dalam bahasa pemrograman Java, sehingga dapat beroperasi pada sistem operasi Windows, macOS, Linux, serta Unix, jika Java telah terpasang. Perangkat ini bersifat bebas dan bersumber-terbuka yang dirilis di bawah GNU Lesser General Public License (LGPL) versi 2.0. Terdapat aplikasi mandiri dan perangkat lunak pengembangan (SDK) yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya, seperti Bioclipse dan Taverna.

Fitur yang populer adalah applet yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web untuk menampilkan molekul dalam berbagai cara. Misalnya, molekul dapat ditampilkan sebagai model bola-dan-pasak, model ruang terisi, diagram pita, dan lain sebagainya.[4] Jmol mendukung berbagaii format berkas kimia, termasuk Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), dan Chemical Markup Language (CML). Terdapat pula versi hanya-JavaScript (HTML5), JSmol, yang dapat digunakan pada komputer yang tidak memiliki Java.[5]

Applet Jmol, disamping kemampuan lainnya, menyediakan alternatif bagi plug-in Chime,[3] yang tidak lagi dikembangkan. Sementara Jmol memiliki banyak fitur yang tidak dimiliki Chime, perangkat lunak ini tidak mengklaim untuk mereproduksi semua fungsi Chime, terutama, mode Sculpt. Chime membutuhkan instalasi plug-in dan Internet Explorer 6.0 atau Firefox 2.0 pada Microsoft Windows, atau Netscape Communicator 4.8 pada Mac OS 9. Jmol membutuhkan instalasi Java dan beroperasi pada berbagai platform. Misalnya, Jmol berfungsi penuh di Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome, dan Safari.

JSmol adalah objek yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Itu tidak memerlukan Java, karena hanya menggunakan HTML5 browser dan mesin JavaScript. JSmol adalah modalitas HTML5 dari Jmol, yang dapat disematkan ke halaman web. Semua fungsi Jmol (sebagai aplikasi mandiri) juga ada di JSmol. JSmol adalah objek browser web interaktif.

Fitur Jmol

  • Perangkat lunak sumber terbuka gratis yang dilisensikan di bawah Lisensi Publik Umum GNU
  • Objek HTML5, aplikasi, dan komponen integrasi sistem
    • JSmol adalah objek browser web yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman web. Ini sangat ideal untuk pengembangan courseware berbasis web dan database kimia yang dapat diakses web. .
    • The aplikasi amol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop.
    • The JmolViewer dapat diintegrasikan sebagai komponen ke dalam aplikasi Java lainnya.
  • Banyak bahasa
    • Diterjemahkan ke dalam berbagai bahasa: Basque (eu), Portugis Brasil (pt_BR), Catalan (ca), Cina (keduanya zh_CN dan zh_TW), Czech (cs), Denmark (da), Belanda (nl), Finlandia (fi), Prancis (fr), Jerman (de), Hongaria (hu), Indonesia (id), Italia (itu), Jepang (jp), Korea (ko), Melayu (ms), Rusia (ru), Spanyol (es), Swedia (sv), Turki (tr), Ukraina (uk), selain bahasa Inggris Amerika asli (en-US) dan Inggris Inggris (en-GB).
    • Secara otomatis mengadopsi bahasa sistem operasi pengguna, jika itu adalah salah satu terjemahan yang tersedia. Anda dapat mengubah ke bahasa lain jika diinginkan.
    • Untuk detail atau instruksi terbaru untuk menambahkan bahasa Anda, lihat Wiki .
  • Lintas-platform
    • Windows
    • Mac OS X
    • Linux / Unix
  • Mendukung semua browser web utama: Firefox, Safari, Chrome, Opera, Edge ...
  • Rendering 3D kinerja tinggi tanpa persyaratan perangkat keras
  • Banyak format file yang didukung 
    File yang dikompresi dengan gzip akan secara otomatis didekompresi.
    Lihat juga bagian format file dalam Jmol Wiki.

    MOL
    Struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi klasik V2000)
    V3000 Struktur MDL / Elsevier / Symyx (versi baru V3000)
    SDF Struktur MDL / Elsevier / Symyx (beberapa model)
    CTFile Tabel kimia MDL / Elsevier / Symyx (generik)
    CIF File Informasi Kristalografi - standar dari International Union of Crystallography
    mmCIF File Informasi Kristalografi Macromolecular - standar dari International Union of Crystallography
    CML Bahasa Markup Kimia
    PDB Protein Data Bank - Kolaborasi Penelitian untuk Bioinformatika Struktural
    XYZ Format XYZ, file XMol - Institut Supercomputer Minnesota
    XYZ + vib Format XYZ dengan menambahkan informasi vektor getaran
    XYZ-FAH Format XYZ untuk Lipat @ home
    MOL2 Sybyl, Tripos
    Alkimia Tripos
    CSF Fujitsu CAC, struktur kimianya, sekarang Fujitsu Sygress
    GAMES Output Sistem Struktur Atom Atom dan Molekuler Umum (varian AS dan Inggris) - Gordon Research Group, Iowa State University
    Gaussian Output Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc.
    kubus Gaussian, Inc.
    Bersifat kimia Paket kimia komputasi Ghimia
    MM1GP File mekanika molekul molekuler
    HIN File HIN / HIV dari HyperChem - Hypercube, Inc.
    Jaguar Schrodinger, LLC
    MOLPRO Output molpro
    MOPAC Output MOPAC 93/97/2002 (domain publik)
    MGF MOPAC 2007 (v.7.101) output graphf (domain publik)
    NWCHEM Output NWChem - Laboratorium Nasional Barat Laut Pasifik
    odydata Data Odyssey - WaveFunction, Inc.
    xodydata Data XML Odyssey - WaveFunction, Inc.
    QOUT Q-Chem, Inc.
    SHELX Departemen Kimia Struktural, Universitas Göttingen (Jerman)
    SMOL Data Spartan - Wavefunction, Inc.
    spinput Data Spartan - Wavefunction, Inc.
    GRO Format Gromos87 dari GROMACS
    PQR Format pdb yang dimodifikasi termasuk biaya dan radius
    Amber Paket Amber dari program simulasi molekuler
    JME Editor Molekuler Java - Peter Ertl
    CASTEP Paket perangkat lunak CASTEP, menggunakan teori fungsional kerapatan
    Tujuan FHI Teori struktur elektronik penuh-potensial / semua-elektron dengan orbital lokal - Fritz-Haber-Institut der Max-Planck-Gesellschaft
    VASP Paket simulasi ab-initio VASP / VAMP / Wina
    DGrid Miroslav Kohout, Max-Planck Institute
    ADF Output ADF - Amsterdam Density Functional
    XSD Studio Bahan Accelrys
    AGL ArgusLab
    DFT Wien2k
    AMPAC Output AMPAC - Semichem, Inc.
    WebMO Antarmuka WebMO untuk paket kimia komputasi
    Molden Kerapatan elektron / orbital molekul
    PSI3 Output file dari paket PSI3 program kimia kuantum

  • Animasi
  • Getaran
  • Permukaan
  • Orbit
  • Dukungan untuk unit sel dan operasi simetri
  • Bentuk skematis untuk struktur sekunder dalam biomolekul
  • Pengukuran
    • jarak
    • sudut
    • sudut torsi
  • Dukungan untuk bahasa scripting RasMol / Chime
  • Perpustakaan dukungan JavaScript ( JSmol.min.js )
  • Ekspor ke jpg, png, gif, ppm, pdf, POV-Ray, Gaussian, Maya, vrml, x3d, stl, idtf, halaman web.
  • Untuk lebih jelasnya, lihat sejarah pembangunan.

Referensi:
^ Jmol translations
^ Chen, Jim X. (2008), Springer, ed., Guide to Graphics Software Tools (dalam bahasa Inggris), hlm. 471, ISBN 978-1-84800-900-4
^ a b Herráez, A (2006), "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue", Biochemistry and Molecular Biology Education (dalam bahasa Inggris), 34 (4): 7, doi:10.1002/bmb.2006.494034042644
^ Herráez, A (2007), Lulu, ed., How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1, hlm. 21, ISBN 978-1-84799-259-8
^ "JSmol" (dalam bahasa Inggris). Diakses tanggal 2 November 2015.
^ "JSmol Sourceforge.net"